学习小组Day6笔记——四海

学习R包

• R包都有自己的说明书（cheatsheet),俗称小抄。

获取R包小抄的方法

• 百度XX小抄
• 找Rstudio的cheatsheet网站（网速好慢的）cheatsheet
• 生信星球公众号回复相应的包名获取

初步了解tidyr

• 主要功能

1. 数据框的变形 2. 处理数据的空值 3. 根据一个表格衍生出其他表格 4. 实现行或者列的分割

install.packages("tidyr")#安装
library(tidyr) #载入

• 新建一个数据框
  a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))

rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。
paste，连接两个字符串，括号要填两个代连接字符并指定分隔符（sep），没有分隔符就填sep=“”。
函数后面一般都要加括号，括号里第一个参数是都数据框名
字符串要加双引号
行 raw, 列 column，简化写法为col

创建一个练习数据

图片.png

gather(a,`hai`,`dou`,key = "name",value = "case")#正规用法
gather(a,"name","case",hai,dou)#懒人用法

图片.png

gather括号里的分别是：数据框名，需合并的列名（两个），合并后的key列名，value列名。

处理缺失值

• 删除整行
• 根据上下文（瞎）蒙一个
• 同一列的空值填上同一个数

X <- data.frame(x1=c("A","B","C","D","E"),x2=c(1,NA,NA,3,NA))
X
View(X)
drop_na(X,x2)
?drop_na
fill(X,x2)
X
replace_na(X,list(x2=2))

图片.png

pin2<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
View(pin2)
expand(pin2,GeneId,SampleName,Expression)
base```
- expand三列排列组合