我们时常在做生信分析的时候遇到c或者c++编译的软件,这个时候我们想安装他们的话,就得靠我们服务器上的gnu的gcc或者g++来编译进行安装,很多时候我们没有root权限,这个时候应该怎么办呢
1.获取源代码:
常用wget/curl
下载,也可以用类似apt-get source
的方式获取仓库中软件源代码;
2.解压源代码安装包:
tar -zxvf xxx.tar.gz
3.切换到解压后的目录,运行 ./configure
./configure --help
可以列出配置项,
非root用户最重要的配置项是指定安装目录prefix
,
./configure --prefix=/path/to/bin
在无法自动找到依赖库位置的情况下,用 --with-xx-dir=xxx 的形式配置依赖库位置;
4.进行编译
make && make install
这两条命令可以分开执行,make时指定-j
参数并行编译,能显著减少编译耗时(单进程编译GCC需要几个小时,开启并行编译后可缩短到十几分钟)
5.把安装好的写入环境变量
export PATH="/path/to/bin:$PATH"
可将其写到.bashrc
或者.bash_profile
中;
6.如果编译过程遇到缺少库的情况
请参照我的这两篇文章
2023-07-05 | conda包环境迁移 + 不联网服务器软件安装 - 简书 (jianshu.com)
2023-07-07 | 一文说清楚Linux中的各种PATH - 简书 (jianshu.com)
总结来源于linux非root用户安装软件入门 - tlanyan (itlanyan.com)
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