微阵列(Microarray)和RNA-seq(RNA sequencing)
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微阵列(Microarray)和RNA-seq(RNA sequencing)是转录组分析中的两种主要技术
微阵列 | RNA-seq | |
---|---|---|
描述 | 微阵列技术合成DNA探针阵列,互补杂交 | 从mRNA中测定短序列,回帖到基因组 |
变异 | 每个基因一个长探针;每个基因有许多短探针;横跨基因组的平铺k-mers优势 | 计数读取每个已知基因的映射 |
优势 | 能专注于小区域,即使是很少的分子/细胞 | 数字化测量,从头开始组装 |
k-mers
所谓Kmer,即为一段长度为k的DNA片段,是由测序reads剪切一部分得到的。
聚类(非监督)vs分类(监督)
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参考https://blog.csdn.net/qq_45797116/article/details/108407573
聚类:k聚类、模糊k聚类、层次聚类(UPGMA:unweighted pair group method with arithmetic-mean)
常用分类算法:朴素贝叶斯、logistic回归、决策树、支持向量机
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层次聚类
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Q:既然层次聚类可以随意划分类,那还拿k聚类来干啥?
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