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[ShinyApp]第一次将ShinyApp部署到云服务器的经历

[ShinyApp]第一次将ShinyApp部署到云服务器的经历

作者: YERA | 来源:发表于2021-07-20 00:36 被阅读0次

    不知道各位是否经历过,利用shinyapp官网的上传方式(shinyapp.io)来部署我们的应用,用户上传文件的速度过于缓慢,一个几M的压缩包要上传N年! 为了满足项目的需要,有什么好的办法解决这个问题呢?【背景】

    我在网上看到有个博主遇到的情况和我类似,他建议将shinyapp部署到云服务器上。于是也尝试将自己写的app部署到云服务器上。

    PS: 这是第一次用云服务器,另外没有接触过Linux系统,可以说对这一套流程完全懵逼!
    ------ PART 1 云服务器(ECS)

    话不多说,直接开干!一开始我也看了许多博主的经验贴,然后基本上所用到的软件就是shiny server,于是我就转到这个软件的官网。嚯!好家伙,要Linux系统,这我一电脑windows,这Linux也不会啊,但是没办法,得认清现实。


    Platform

    下一步就是要下载一个带Linux系统的云服务器了,于是我就转到了某里云的网址,一堆新奇玩意儿应接不暇,如ECS,域名注册,公网IP等等。那我们肯定是需要云服务器啦(ECS)。然后误打误撞,看见了有免费试用的页面,这里就不放上面了,读者自行查找。结合最开始那个博主的帖子,我也尝试试用了一台1核2G的服务器,
    其中地域随机分配的,1M带宽,系统是ubuntu 20.04 64位,然后买完就是下面这个样子:


    实例

    但是,还没完,我们要给这个新玩意儿配置安全组!(别问我为什么,我也是学百度的做法)
    更多->网络和安全组->安全组配置->配置规则->手动添加->依次设置


    安全组
    其中描述随便写啦,点击保存就OK了。但是,我们怎么操控我们的服务器呢?点击实例里面的操作(远程连接),里面有3种方案:Workbench,VNC远程连接,发送远程命令。系统推荐使用第三种,但是我选择第二种。第一次用VNC要设置实例密码,6位数,以后每次用这个登录都必须要输入VNC密码!!设置好了之后,愉快的ubuntu操作页面就出现了。
    ------ PART 2 R

    首先引入眼帘的是,登录页面(当时这里不知道输啥,还以为是阿里云的账号,然后疯狂百度),我们应该输入root,然后密码是实例密码,相当于windows的初始管理员admin。然后就可以输入Linux代码啦!要修改配置,为了安装R的最新版本,输入命令

    vim /etc/apt/sources.list
    
    sources

    要拉到底才看得见绿色的提示,输入E,进入编辑模式,插入

    deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
    

    要结合R语言官网对ubuntu不同版本安装的要求,我这里安装的是R4.0的版本。
    输完按ESC,然后按住shift+ : ,最底部可以输入,我们输入wq,表示退出(PS:强制退出q!),退出后我们新建一个新用户,为了shiny环境的部署,我们就直接取名为shiny,输入:

    useradd shiny 
    passwd shiny 
    

    此时会让我们输入shiny用户的密码,建议和root密码一样(以防遗忘),然后我们给shiny添加root权限,输入:

    chmod +w /etc/sudoers
    sudo vim /etc/sudoers 
    

    注意这是在root下,如果你是在shiny用户下,你要键入:sudo su
    然后输入root密码就好了,如果你想切换到shiny用户下,键入:sudo su shiny
    上面2行命令输完后,就进入到sudoers编辑页面,找到root ALL=(ALL:ALL) ALL,在他的下面输入

    shiny  ALL=(ALL:ALL)  ALL
    
    shinyALL

    此时退出编辑页面,我们可能会遇见下面这种情况,


    Error

    强制退出!按住shift+ : ,最底部可以输入q!,再删除文件可写权限,输入:

    chmod -w /etc/sudoers 
    

    现在切换到shiny账号,输入

    sudo su shiny
    

    然后按照R官网的安装说明,一步步安装

    R

    然后输入:

    sudo apt-get update
    sudo apt-get install r-base
    

    运行成功,就会出现下面的界面:


    R

    是不是感觉到一股熟悉的味道~,然后按q()退出,输入

    sudo R -e "install.packages('shiny', repos = 'https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN/')"
    

    下载shiny包,注意你是在shiny账户下,以后下载所有的包都要在shiny账户下,不然你的shinyapp是运行不了的。进一步,下载R包的可能依赖包,参考这位博主:

    Ubuntu安装R及R包 (bbsmax.com)

    sudo apt-get update
    sudo apt-get install r-base
    sudo apt-get install r-base-dev
    
    sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/imagemagick
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install -y libmagick++-dev
    sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
    

    非常重要!!不然后续下载R包会自闭!

    ------ PART 3 shiny server

    我们现在,进入到安装shiny server的环节,先转到官网


    shiny server

    按照上面说的,输入:

    sudo apt-get install gdebi-core
    wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb
    sudo gdebi shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb
    

    这时候,我们要测试shiny是否安装好,在浏览器中,输入你的公网IP,就是云服务器实例那一栏里面的,随后输入: :3838,此时就可以进入到shiny的欢迎页面!


    welcome

    如果不能显示,请读者返回最开始的步骤,看看是不是在安全组里面,没有加入3838!然后,欢迎页面的右侧例子是否能正常显示,主要是右下角的app,如果出现错误,你必须像安装shiny一样,再安装Rmarkdown。
    此外,还需要注意的是,为了能够明确的显示报错信息,我们必须修改shiny server的配置文件,键入:

    vim /etc/shiny-server/shiny-server.conf
    

    按照之前所说的操作模式,像下面图一样,输入前几行:

    preserve_logs true;
    sanitize_errors false;
    run_as shiny;
    
    conf

    然后保存退出编辑模式,这样做的还有一个好处是,我们之后部署的shinyapp如果出错了,可以掉取日志来查看出错原因!(之后介绍)

    ------ PART 4 文件上传(FileZlia)

    既然我们安装好了R,shiny,shiny server,现在最关键的问题变成了如何将我们已经在本机调试过的app文件,传到云服务器上?毕竟我不会Linux,要是能有像windows,直接把文件拖到另外盘一样不就好了!Filezlia ! 具体安装,以及Filezlia相关设置问题,参见这位博主写的帖子,非常详细:

    Filezilla使用教程_wy_091112的博客-CSDN博客_filezilla使用

    注意,要同时下载FileZila的server端与client端!
    输入公网IP,账号,密码,端口输入22,进行快速连接,成功后就是下面这个样子:


    FileZila

    这让一个没接触过linux系统的,只会windows的我,看起来不要太舒服!然后就是喜闻乐见的传app文件的时刻了,我们在本机上找到对应文件,然后上传到云服务器的 /srv/shiny-server 位置,如图:


    srv

    如果在上传过程中,发现上传失败,一定要检查权限!可以输入:

    sudo chmod 777 -R /srv/shiny-server/ 
    

    具体参见这位博主写的文章:

    R语言-Shiny部署 - 哔哩哔哩 (bilibili.com)

    敲黑板!!一定要提前下载好app文件里面所需要的R包,而且还是shiny账户下!不然会报错!在ubuntu上下载R包最大的困难是不能解决包依赖问题,这个就请读者遇到了自行百度吧。

    最终,我们检阅部署结果!!!

    我们在浏览器输入:公网IP:3838/app name,其中app name是你将你的app文件传到云服务器的文件名,到这里即可成功将app部署到我们的云服务器上!

    下面列举出我当时参考的帖子:

    云服务器部署shiny应用终极指南 - 知乎

    (数据科学学习手札66)在ubuntu服务器上部署shiny - 费弗里 - 博客园

    R语言-Shiny部署 - 哔哩哔哩

    ------ 后话
    1. 如果出现错误,请学会看shiny server的日志
      在FileZila里面,转到 /var/log/shiny-server 位置,我们会看到我们运行shinyapp的各种日志,找到报错的日志(通常是时间最近的那个),点开就知道出现了什么问题。但是有一种除外,就是直接写“Killed”,那么我们就需要从云服务器里面看到底发生了什么!如果出现了提示“Out of memory”,那就是内存不足,需要升级我们的云服务器配置,想要查看具体被“Killed”的原因,可以查看这位博主写的文章:

    linux 程序被Killed,如何精准查看日志_shuihupo的博客-CSDN博客

    1. 一些简单的linux命令
      转到某个文件夹:cd /fiename 比如转到 shiny-server 输入:
    cd /srv/shiny-server
    

    切换到shiny用户:

    sudo su shiny
    

    强制关闭进程:ctrl+C
    强制退出账号:ctrl+D
    进入R软件: 直接输入R

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