bcl2fastq 产生的多个lane 的fastq.gz 合并

bcl2fastq 产生的文件结果如下（4个lane fastq.gz 文件）：

现在要将多个lane 的fastq.gz合并，方便下步骤的分析。

方法1：

cat HG251H_S11_L001_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L002_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L003_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L004_R1_001.fastq.gz >cat.fastq.gz

方法1：

zcat HG251H_S11_L001_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L002_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L003_R1_001.fastq.gz HG251H_S11_L004_R1_001.fastq.gz >zcat1.fastq
gzip zcat1.fastq

结果分析：

[xmxjy@localhost fq]$ ll cat.fastq.gz zcat1.fastq.gz
-rw-rw-r-- 1 xmxjy xmxjy 215021321 Jan 10 01:34 cat.fastq.gz
-rw-rw-r-- 1 xmxjy xmxjy 198342024 Jan 10 01:36 zcat1.fastq.gz

不一样什么原因，压缩率不同吗？解压看看

gzip -cd cat.fastq.gz >cat.fastq
gzip -cd zcat1.fastq.gz > zcat1.fastq

结果

[xmxjy@localhost fq]$ ll cat.fastq zcat1.fastq
-rw-rw-r-- 1 xmxjy xmxjy 802476157 Jan 10 01:41 cat.fastq
-rw-rw-r-- 1 xmxjy xmxjy 802476157 Jan 10 01:41 zcat1.fastq

[xmxjy@localhost fq]$ cat cat.fastq |wc
8785932 10982415 802476157
[xmxjy@localhost fq]$ wc zcat1.fastq
8785932  10982415 802476157 zcat1.fastq

[xmxjy@localhost fq]$ md5sum cat.fastq
8ce225df8b6b54046edee7986fc826ea  cat.fastq
[xmxjy@localhost fq]$  md5sum zcat1.fastq
8ce225df8b6b54046edee7986fc826ea  zcat1.fastq

OK,没问题了，用cat吧，因为快。