写在前面
生物信息操作中必不可少的就是各种软件的安装，不同于我们习以为常的Windows操作系统下软件的安装，Linux下软件的安装通常涉及源码的编译和二进制文件的下载，不同的软件所依赖的环境也不同，往往一个软件的安装就要耗费许多的时间。这里提供另一种更简单的软件安装方式。
conda
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，是多个软件包管理器的组合（如 pip，CPAN，CRAN，Bioconductor，apt-get 等），可以在多个操作系统上（包括 Linux，Mac OSX 和 Windows）使用。
Conda 允许用户可以从不同的 channels下载所需的软件包，用户也可以自己对 channels源进行配置。Bioconda 就是一个专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件。
下载与安装
Conda 一般提供了两种下载渠道：Anaconda 和 miniconda。Anaconda 完整版需要大概3G空间，是一个打包的集合，里面预装好了conda、python 等。而Miniconda，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，一般我们安装miniconda 就足够了。
下载 miniconda
可以通过 miniconda 官网 下载（国外网站，下载速度慢），也可以通过国内镜像站下载，这里以清华镜像源站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ 为例。
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12-Linux-x86_64.sh
# 注意选择适合自己的版本
安装
bash Miniconda3-4.7.12-Linux-x86_64.sh
source miniconda3/bin/activate
conda init bash #初始化
配置镜像
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda # 这就是 Bioconda 的 channel
cat ~/.condarc # 查看已配置镜像源
至此，conda 的下载和安装已经基本完成。
一些用法
安装软件
conda install 软件名
conda 默认安装软件的最新版本，如果对软件版本有要求，可以使用conda search 软件名查看软件版本，星号标记的是已下载版本，可以通过conda install 软件名+版本号来下载指定版本，这时 conda 会先卸载旧版本再安装新版本。
卸载软件
conda remove 软件名
查看已安装软件列表
conda list
更新软件
conda update 软件名
创建新环境
多个环境可以并存也是conda的一大优点，我们可以根据自己的需要来创建不同环境，比如我们想对转录组测序进行分析，就可以专门创建一个环境用来安装转录组分析中所用到的软件，比如有一些软件可能只能在python2环境中安装，而当前环境中python版本为3.x，我们也可以专门创建一个新环境，安装python2。
默认环境是 base
conda create -y --name rna-seq pythom=3
查看已有环境
conda env list
删除环境（删除名为 name 的环境）
conda remove -n name --all
进入、退出指定环境
conda activate 环境名 #激活
conda deactivate 环境名 #退出
网友评论