vcftools安装

作者: ayunga | 来源:发表于2022-12-23 10:26 被阅读0次

vcftools安装
Fst
[vcftools,bcftools]vcf 文件将snp i
vcftools安装碰到的坑
vcftools安装及基础用法
2019-07-26用EIGENSOFT的smartpca进行主
vcftools
vcf文件提取SNP位点
gwas分析时常用的软件和一些使用方法
structure 分析

Build from Release Tarball

访问GitHub , release中寻找最新版本（https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag/v0.1.16）
下载 vcftools-0.1.16.tar.gz 压缩包，至自定义安装目录：

cd /dir/to/install
wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz
tar zxvf ./vcftools-0.1.16.tar.gz
cd vcftools-0.1.16/
./configure --prefix=`pwd`
make && make install

vcftools安装
Build from Release Tarball 访问GitHub , release中寻找最新版本（http...
Fst
vcftools计算Fst VCFTOOLS官网[http://vcftools.sourceforge.net/...
[vcftools,bcftools]vcf 文件将snp i
https://github.com/vcftools/vcftools/releases 如果是bcftools...
vcftools安装碰到的坑
在群体遗传学相关的系数计算这一块，vcftools是个很好的工具，操作简单，可以从变异检测的vcf出发，直接计算P...
vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1...
2019-07-26用EIGENSOFT的smartpca进行主
1.vcftools或plink进行文件格式转换 vcftools --vcf myfile.vcf --plin...
vcftools
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用...
vcf文件提取SNP位点
测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcf...
gwas分析时常用的软件和一些使用方法
tasselplinkvcftools vcftools的帮助文档 GAPITGEMMAFARMCPULDAKst...
structure 分析
==============转化vcf为plink格式============= vcftools --vcf...