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生物信息与编程系列--引言

生物信息与编程系列--引言

作者: 正踪大米饭儿 | 来源:发表于2017-04-03 23:27 被阅读108次

干生物信息工作的如果你没有掌握一门编程语言都不好意思给别人开口说你在做生物信息。
在我的意识世界里,生物信息学科是一门纯粹的工具学科,其发展的所有方法都不外乎是为生命科学研究提供服务的。
之所以有这样的认知,是因为我是生物背景的。
在2016年的全国生物信息学大会上郝柏林、强伯勤等几位院士联手多位专家提出要将生物信息学单独列为一个学科,我有些不理解。(他们物理出生的和我们生物出生的差别确实太大)。

抖不撑展的东西不去深究,留给时间来进行定义!

书归正传,生物信息学之所以称之为生物信息学就是因为生物学和诸如数学、计算机、信息学等多个学科的错综复杂的联系才构成了这么一门多成分的学科。

在大实验时代,人们去验证或者探究一个生物学的理论或者发现往往通过很长时间的生物实验才能证实或者证否;而在计算机诞生及普及以后,尤其是大规模组学开展以来,不断的利用计算机高速的运算能力与快速产生的大数据相结合,极大的提高了生命科学研究人员的探索验证能力。
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接触过生物信息的都知道,用计算机挖掘生命本质就是不断的使用不同的软件、算法以及计算模型对生物实验过程中产生的现象(直观的表现就是数据了)后面的挖掘,探究。
而生命科学的探究的过程本身就是一个不断创新不断发展的一个过程,现有的软件、模型以及算法等只能最适的适应已有的结果,探索未知的过程则与不断更新的软件、模型和算法在一起协同进化。

因此,生物信息中编程能力的重要性不言而喻!

生物信息学中主流的编程语言有C、perl、python、java、shell以及R等。

后面会简单介绍一下各个语言的适用范围及特点。
希望能做成一个系列。

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网友评论

  • 生信杂谈:我感觉python挺好用的,主要是简单:stuck_out_tongue_winking_eye:
    正踪大米饭儿: @生信杂谈 其实还是想学一下python感觉可以用的地方好多,模块好强大。
    正踪大米饭儿: @生信杂谈 python是典型的伪代码形式,看起来不那么费劲。
    我的主要开发语言是perl,用习惯了也感觉没那么难了~
    生信杂谈:@生信杂谈 上手简单,更正一下
  • 先觉者的世界:😀期待你的系列,加油!现在希望学一点关于生物信息的东西,在这里看到了好多你写的关于这方面的内容,对于刚入门的人来说很有帮助!
    正踪大米饭儿: @先觉者的世界 我也是在学习的过程中慢慢整理的一些闲散文字,共同进步吧

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