1. 生物信息学入门
高通量测序技术类型与数据分析
• 生物背景： 细胞生物学，分子生物学，生物信息学等
• 编程技巧： Linux, Python, R
• 测序知识：从一代到三代的测序技术原理；Illumina测序技术细节
▷ 高通量测序技术入门的3项基本技能：
① RNA-Seq的分析流程
② ChIP-Seq的分析流程
③ Call SNP的分析流程
2. 癌症相关生物学背景
本次操作实战选用的是Nature Letter文章，标题为：Reconstructing lineage hierarchies of the distal lung epithelum using single-cell RNA-seq, doi:10.1038/nature13178
本篇文章先对肺部发育过程中涉及的几类细胞（Clara, Bronchiolar, AT1, Alveolar, BP, AT2, Ciliated）进行了一个单细胞RNA-seq，对测序结果进行PCA分析，发现来自不同种类细胞的转录本确实存在差异；接下来他们再进行了一个heatmap绘制，尝试鉴定出不同细胞的基因Marker；
Heatmap绘制展示举例
PS：FPKM，可以简单等同于基因表达量，数值越高表示基因表达量越高。
3. 传统的RNA-Seq建库方法
• PolyA positive：
▷成熟的mRNA含有polyA尾巴；
▷对polyA进行富集
polyA positive建库流程
• rRNA minus：
▷去除建库中最大的干扰因素rRNA
rRNA minus建库流程
1）RNA质量评估
① 毛细管电泳/Bioanalyser Agilent 2100
琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性
②RIN (RNA Integrity Number):非常好的的RNA具有一个5s, 18s, 28s以及一个5.8s的4个峰值，要求RIN至少8以上的RNA样本才可以进行后续RNA-Seq的建库。
RIN法进行RNA完整性质控 1
RIN法进行RNA完整性质控 2
4. 单细胞测序技术简介
5. 几种主要的单细胞RNA-Seq建库方法
6. 单细胞RNA-Seq的分析流程
7. 如何下载文章的原始数据
8. SRA格式文件的解压缩与简单处理
SRA格式文件的解压缩与简单处理 ——数据的fastq格式展示
SRA格式文件的解压缩与简单处理 ——fastqc进行数据质控
SRA格式文件的解压缩与简单处理
命令解析：mkdir: 创建一个文件夹； -p : 如果这个文件夹存在的话忽略此命令，如果这个文件夹不存在即创建；fastqc -t :调用两个核； -o ： 输出文件； -q: 沉默模式，使命令在后台运行； ./raw.fastq/*.gz 指的是把这个文件夹里的文件解压缩出来然后进行前面fastqc这个命令进行质控
SRA格式文件的解压缩与简单处理 ——循环去接头shell脚本
命令解析： "for case_name in SRRxxxxxx": case_name进行循环； "do"为循环结构，结合最后的"done'；
"nohup cutadapt --times 1 -e 0.1 -0 3 --quality-cutoff 6 -m 75 -a AGATCGGAAGAGC -A AGATCGGAAGAGC -o $out_fastq_1 -p $out_fastq_2 $fastq_1 $fastq_2 ﹥ $log_file 2﹥&1 &"：
nohup cutadapt: 该行命令遇到程序有问题的时候不会被中断，有点类似于把任务放到后台执行。
--times：trim的一个基本参数
-m 75: 当序列中有一条低于75时，这一对reads都去除
9. 主成分分析（PCA）的原理
10. 其他常用的聚类方法
11. boxplot与violin plot
12. heatmap及其绘制细节
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