看名字就知道,这个软件是设计primer用的。惭愧本人一直没有设计过引物,前几天正好有需求,就来弄一下这个。当时在学校用的是5,没想到现在已经有6了,而且界面啥的都和以前相去甚远。好啦,下面开始动手吧。
直接就下载国内的破解版就好,国外的我是下不动。下载的压缩包,里面有Crack这个文件夹,按照readme把里面的patcher.jar复制到你安装pp6的文件夹的相应位置,再在cmd模式下运行这个java脚本就ok了。
下面就是在NCBI上找到相关的目的基因。这里以黑曲霉的fum8基因为例。
fum8
在NCBI搜索后,可以在description看到这个基因,是指导a-氧胺合酶的合成,而且后面注释的是黑曲霉。
接下来,看到gene type,黑曲霉的基因组序列编号:NT_166518.1,中间那里注意,这个基因顺序是在+链还是-链上,这里会有顺序的区分。
但其实你往下来,就可以看到,你要找的基因的序列或者是基因组的拼接参考序列。一般来说,只是设计引物,就知需要目的基因的序列就够了,就不用下载reference了。
这里建议是,找到了NCBI序列编号后,直接在snapGene 这里导入。
又或者是在右边的位置调好坐标后,下载下来。
导入完之后,就可以在sequence找到aa或base的坐标和序列了。而且还有这端基因的常用切割位点
把目的基因copy下来,粘贴到之前破解的pp6上,就可以在这段序列上search primers了。当然,要设置好参数。
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