1.建置之别：羁縻不以中央王朝的意志为主，起到决定性作用的是民族首领实力的大小，分别授予刺史、县令等官职；土司决定因素是古代帝国的政治制度之需要。
2.关系之别：羁縻土官受到中央控制程度较低，互相之间是通过朝贡来维持松弛的政治联盟关系，并且朝贡时间、种类、数量都没有定制，随其所欲。虽然也有中央派来的流官与军队，但是大部分是走形式而已；土司对帝制承担的义务较多，因此受控制程度也越严谨，土官是王朝驻军与流官的的组成部分，要定期向王朝朝贡，还要服兵役和徭役，形成“元明清”三朝的“竿子营”现象。
3.承袭之别：唐朝羁縻长官由鸿胪寺掌管，宋代由兵部直接掌握，偶尔由王朝“分封制”授权，大部分时间是自封的，然后向中央王朝备案就行了；土司虽然也是子承父业，但是授职前，必须经过王朝按宗法制度加以严格挑选，条件具备、手续齐全后，得到批准后才能上岗。明朝开国之初规定必须赴京受职，以后虽改在本地，但须经过本地流官查明实情呈报，由抚按批允，再由布政司代奏朝廷，经过兵部或吏部题选，报请皇帝朱批，委以印信号纸等一系列繁琐手续。
4.废置之别：羁縻时期的首领对于王朝的心理态度起到了决定性作用，归附时设置，反抗时予以撤销或降为城堡；土司由王朝的利益需要起到置废的作用。
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