6.文件读写

资源来自生信技能树

R.Rdata.png

#1.读取ex1.txt
ex1= read.table("ex1.txt",header = T) #header=T把数据第一行设为列名

原数据为：

ex2_B cell receptor signaling pathway.csv.png

运行下面代码

#2.读取ex2_B cell receptor signaling pathway.csv
ex2 = read.csv("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv")

ex2.png

解决上述红框问题，将行名设为基因名，列名为原数据格式

ex2 = read.csv("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv",
               row.names = 1,
               check.names = F)

运行后.png

原始数据：

GSE32575_series_matrix.txt.png

#3.读取GSE32575_series_matrix.txt，赋值给gse。
gse = read.table("GSE32575_series_matrix.txt")

无法读取，出现报错.png

要去掉数据中的前65行和最后一行注释信息，则运行下列代码

gse = read.table("GSE32575_series_matrix.txt",
                 comment.char = "!",
                 header = T,
                 row.names = 1) 
#comment.char = "!"为去掉含！的行，header = T以第一行为列名，row.names = 1以第一列为行名

运行后结果.png

#4.描述gse的属性
dim(gse)
colnames(gse)
rownames(gse)

image.png
image.png

#5.将gse导出为新的txt和csv文件。
write.table(gse,file = "zz.txt")
write.csv(gse,file = "zz.csv")   #sep="\t"为以Tab键为分隔符，sep=" "为以空格为分隔符
#6.将gse保存为Rdata并加载。
save(gse,file = "zz.Rdata")
#7.保存多个变量到Rdata
save(gse,ex1,ex2,file = "zz.Rdata")
#8.加载Rdata
load("zz.Rdata")

文件读写相关函数.png
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