接下来，我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。
一篇文章说：RPKM values were log2 transformed before generating heat maps. The heat map was generated by BAR Heatmapper Plus (http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi) online.
首先进行annotation，本来想用biomart，但是biomart中的geneid不对。
which语句看有没有想要的物种，以及query语句
查看物种的annotation的内容：
keytypes返回这个数据包可以当做关键字(key)进行查找的列发现都不对，最后我们选择再ncbi上查找作者上传的基因组数据，找gff文件
点击ftp就可以下载。但是里面的gene id居然不对。好吧，明天继续。
接下来，我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。 一篇文章说：RPKM values were lo...
在网上下载了txt文件，是rpkm，但是基因id中的名称搜索不到匹配内容。 试一下用r注释：https://www...
1. 读入数据： 2.表达矩阵探究 参考：RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM...
RPKM,FPKM,and TPM RNA-seq标准 我们过去使用RPKM(Reads Per Kilobase...
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浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别 在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录...
RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括：RP...
RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客 来自StatQuest 过去，当您进行RNA测序时，您以...
基因表达量的衡量指标有：RPKM、FPKM、TPM。 RPKM：Reads Per Kilobase Millio...
1、关于FPKM, RPKM, TPM在RNA-Seq的分析中，对基因或者转录本的reads count数目进行...
本文标题：11.8 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（二）
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/lfxwxqtx.html
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