install nanopolish

nanopolish

需求：
nanopolish源码安装，有时候因为依赖包会出现问题，这里介绍下htslib和fast5的依赖安装问题。

下载nanopolish指定版本0.11.0

nanopolish

从master部分可以看到依赖两个项目，分别是htslib和fast5：

.gitmodules version

为使版本一致，去这两个项目路径上分别下载对应版本：

• fast5有对应版本18d6e34

  
  fast5

• htslib没有找到对应版本3dc96c5，这里采用最新版本

  
  htslib

最后，解压两个包，将nanopolish用到的依赖文件拷贝到对应路径中去：

wget https://github.com/jts/nanopolish/archive/v0.11.0.tar.gz -O nanopolish-0.11.0.tar.gz && tar zxvf nanopolish-0.11.0.tar.gz 
cd nanopolish-0.11.0/ 
wget https://github.com/samtools/htslib/archive/1.9.tar.gz -O htslib.tar.gz && tar zxvf htslib.tar.gz && mv htslib-1.9 htslib
wget https://github.com/mateidavid/fast5/archive/v0.6.5.tar.gz -O fast5.tar.gz && tar zxvf fast5.tar.gz && mv fast5-0.6.5 fast5
cp -r ./fast5/include/* ./src
cp -r ./htslib/htslib ./src/alignment/ 
make 

The End