git clone --recursive https://github.com/jts/nanopolish.git

--recursive 保证下载的包含 fast5,htslib,minimap2 内容 而不只是空目录

如果速度慢，可以自己用其他方式下载这 三个 单独解压到相应目录里
注意，一定要用这里的指定分支 版本，不要用最新的

Makefile 修改针对 v0.13.2 版本

之前这样
# Download and install eigen if not already downloaded
eigen/INSTALL:
        if [ ! -e $(EIGEN_VERSION).tar.bz2 ]; then \
                wget http://bitbucket.org/eigen/eigen/get/$(EIGEN_VERSION).tar.bz2; \
        fi
        tar -xjf $(EIGEN_VERSION).tar.bz2 || exit 255
        mv eigen-eigen-* eigen || exit 255


改成这样
# Download and install eigen if not already downloaded
eigen/INSTALL:
        if [ ! -e $(EIGEN_VERSION).tar.bz2 ]; then \
                wget https://gitlab.com/libeigen/eigen/-/archive/$(EIGEN_VERSION)/eigen-$(EIGEN_VERSION).tar.bz2; \
        fi
        tar -xjf eigen-$(EIGEN_VERSION).tar.bz2 || exit 255
        mv eigen-* eigen || exit 255