bed格式（2018-05-30）

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BED文件格式

BED文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。

必须包含的3列：

chrom,染色体或scafflold的名字(eg chr3，chrY, chr2_random, scaffold0671 )

chromStart染色体或scaffold的起始位置，染色体第一个碱基的位置是0

chromEn染色体或scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chromEnd=100,碱基的数目是0-99

9个额外的可选列:

4. name指定BED行的名字，这个名字标签会展示在基因组浏览器中的bed行的左侧。

5. score 0到1000的分值，如果在注释数据的设定中将原始基线设置为１，那么这个分值会决定现示灰度水平（数字越大，灰度越高），下面的这个表格显示Genome Browser

shade

score in range≤ 166167-277278-388389-499500-611612-722723-833834-944≥ 945

6. strand定义链的方向，''+”或者”-”

7. thickStart起始位置（The starting position at which the feature is drawn thickly）(例如，基因起始编码位置）

8. thickEnd终止位置（The ending position at which the feature is drawn thickly）（例如：基因终止编码位置）

9 itemRGB 是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0, 0),如果itemRgb设置为'On”,这个RBG值将决定数据的显示的颜色。

 10blockCount BED行中的block数目，也就是外显子数目

 11blockSize用逗号分割的外显子的大小,这个item的数目对应于BlockCount的数目

  12blockStarts-用逗号分割的列表,所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应.