从同治十年正月开始，钟觐平，陈次壬发起筹建爱育善堂，得到买办与各行会商人的热烈呼应。1874年，爱育善堂头一年收到捐赠高达49063.91元。爱育善堂募集善款的规模，显示城市工商业者实力雄厚。
除盐运使钟谦钧在第一年捐赠四千两之外，爱育善堂的经费主要来自参与的各行会每年的认捐，以及房地产租息收入。“该堂最盛时期，拥有铺屋180多间，并在南海，番禺，中山等地有田产2500多亩。”善堂吸收了传统祠堂，庙宇的经验，用可靠的租息收入来维持收入来源稳定，避免大起大落。
爱育善堂的常年经费，除收租外，主要来自轮值行会每年约六千两的捐献。从创建初期开始，爱育善堂就建立了“行头值理”制度，从21个工商业行会中，每年选出7至13人担任善堂值理，管理日常事务。到1933年，善堂的行会组成增加到30行。轮值制度加强了行会商人的参与感和荣誉感，保证每年的善款投入稳定。
爱育善堂的常规善举主要是施医赠药、兴办义学、施棺施葬，突发性的工作则包括救灾与兴修水利。善堂开办的第二年，即在全城开设义学19间，学生人数达到564名。义学主要是启蒙识字，除宣讲圣谕外，注重实用教学，以便将来谋生之用。施医赠药以贫困民众为对象，1872年即已施药37758帖。1879年起，爱育善堂负责捡拾水面浮尸，并购买义地为之殓葬。
爱育善堂在广东乃至全国突发性的赈灾工作中，有着突出的表现，大大地提升了善堂在社会上的声誉。
1877年，在赈济清远水灾后，善堂为之出资兴建石角围，保护田园不再受浸。1878年，省城西关一带遭遇数百年未遇风灾，龙卷风扫过密集居民区，倒塌房屋两千多间，压死男女一千多人，受伤者无数。爱育善堂立即组织大批伤科医生前往救治，在现场盖搭棚厂，安置伤员。
1885年夏，北江，西江，东江同时暴涨，水灾极为严重。善堂绅董立即捐款一万余金，立即派出多个队伍四处放赈。因灾情严重，除在本地募集善款外，还请香港、上海、宁波等地粤商广为劝募，爱育善堂担负起了民间救灾的总收发，总指挥职责，一个月内接受各地汇来善款达十多万之巨。因灾情紧急，善董禀请地方官，借用轮船前往灾区散发救灾物资，各善董无不奋力争先，心力劳瘁而不顾。
爱育善堂在存续的八十几年里，一直坚持稳健政策，不愿为了发展而承担过多财务压力，有人或许会认为这种做法过于保守。慈善史专家夫马进在《中国善会善堂史研究》一书中，曾论及晚清上海大量善堂因急于扩大视野规模而陷入财政危机。事实证明，爱育善堂按投资收益制定开支计划的经营策略是正确的。省城另一著名善堂广济医院，曾以多方参与社会事务而声誉鹊起，至20世纪20年代，因经费不敷，被迫停止赠药，对广府慈善事业产生了一定的负面影响。
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