昨天说的jcvi其实主要是画共线性的，真正圈图还是得circos。
jcvi可以用conda安装，但是还需要再环境下同时安装bedtools，和seqkit，emboss
conda create-y-c bioconda-nJCVI jcvi
conda activate JCVI
conda install-c bioconda bedtools
conda install seqkit emboss
conda installlast
参考：https://www.jianshu.com/p/1d85db3874ce
我在集群安装时出现了错误“ProxyError: Conda cannot proceed due to an error in your proxy configuration.
Check for typos and other configuration errors in any '.netrc' file in your home directory,
any environment variables ending in '_PROXY', and any other system-wide proxy
configuration settings.”
这个解答解决了 https://blog.51cto.com/u_15441799/4714734
Latex安装参考 https://xuzhougeng.top/archives/install-latex-without-root。安装包不小，4.3Gb。镜像网站目前https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/Images/ 可用
我的建议是 趁着安装下载各种东西的时候，先把画图要用的东西，比如染色体长度啊，gff3啊，什么的简化处理都处理一下。我打算跟b站上的tbtools学。
忍一下
学院今天跟我们要上学期工作记录，待会整理一下。
我想着circos安到一半也不是那回事 不如一下子弄明白算了
perl不需要安装到circos里，软链接在circos文件夹下面 就行
circos-0.69-9/bin文件夹下面的东西
然后就是安装perl的模块，上面他们别人讲的都很简单，但是对于我这种小白不是很友好。
进入bin文件夹后，conda环境切到perl，然后运行./circos，可以查看没安装的模块，有的模块用“cpan -i 模块名”可以安装，有的用“cpanm 模块名”可以安装，实在不行，conda也可以安装perl的模块。如下图
conda安装perl模块
GD模块确实难一点，我在./bashrc里面添加路径了，libgd也安装成功了，软链接也链接过来了，但是就是检测不到，报错如下。
Configuring R/RU/RURBAN/GD-2.76.tar.gz with Makefile.PL
Notice: Type perl Makefile.PL -h for command-line option summary.
Package gdlib was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `gdlib.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'gdlib' found
at Makefile.PL line 530.
*** can not find package gdlib
*** check that it is properly installed and available in PKG_CONFIG_PATH
at Makefile.PL line 530.
Warning: No success on command[/jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/bin/perl Makefile.PL]
RURBAN/GD-2.76.tar.gz
/jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/bin/perl Makefile.PL -- NOT OK
Failed during this command:
RURBAN/GD-2.76.tar.gz : writemakefile NO '/jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/bin/perl Makefile.PL' returned status 256
我参考了一下这个 http://www.daileinote.com/computer/linux_cmd/63
应该是忘记加环境变量了 export PKG_CONFIG_PATH=/your/path/to/01.Software/libgd-2.3.3/gd/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
但是。。。
我这安软件被折磨的受不了的时候，师弟帮忙，一下子conda就把circos安装好了。我之前conda安装软件的时候proxy报错 我以为不行可能就是单纯的网络问题，先创建环境再安就好了。。。
我tm 想哭。
晚上整理一些circos要用的数据吧。
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