对于食品工厂设计来说，食品工厂洁净室的检测主要是指对食品工厂洁净室或洁净区域的空气洁净度等级等进行测定，生物洁净室还应进行浮游菌、沉降菌的测试。在工程建设过程的检测主要包括工程竣工验收和洁净室综合性能评定两个阶段的检测；在洁净房使用过程中，应对洁净室或洁净区域进行监测，并定期进行综合性能测试，以认证该食品工厂洁净室或洁净区域始终符合要求。
一、食品工厂洁净室的检测应首先指定洁净室或洁净区的占用情况，洁净室的检测状态应根据《洁净厂房设计规范》和ISO14644标准的规定划分为三种类型的空气、静态和动态。
1、空状态检测。在没有生产设备、材料和生产人员在场的情况下进行的试验称为空气状态试验。
2、静态检测。设施已完成，生产设备已按照用户和供应商商定的方式安装和操作，但在没有生产人员在场的情况下进行的试验被称为静态检测。
3、动态检测。设施应在规定数量的人员在场的情况下，以明确的方式操作，以共同商定的方式进行的测试应称为动态测试。
二、食品工厂洁净室的检测可分为洁净室工程竣工验收、综合绩效评价的检测与运行、定期综合性能检测的检测。运行中洁净室或洁净区的监测和定期的综合性能认证试验尚未引起有关方面的重视。修订后的《洁净室设计规范》附录中规定了“食品工厂洁净室或洁净区性能试验和认证”的要求，其目的是对洁净室（区）进行监测，并定期进行综合性能试验，以证明洁净室（区）的洁净室（区）始终满足设计要求，确保工厂生产环境满足产品质量要求，达到稳定的产品质量和产量，创造较好的经济效益。
三、施工单位是最关心运行状态食品工厂洁净室的空气洁净度等级，即生产设备运行的试验结果和操作员在操作员在场的情况下的工作状态，即动态试验结果。然而，施工人员通常希望空状态下的试验结果作为工程的最终验收。
竣工验收的检查和调整，应当在“中国洁净室建设验收规范”规定的空、静态条件下进行。综合综合评价的检测状况由施工单位、设计单位和施工单位决定。主要原因是洁净室的动态试验一般超出了洁净室建设单位的控制范围，以空置状态或静态为试验状态的要求能更及时、客观地评价工程质量。
食品工厂洁净室的施工和验收规范中也有明确的规定，施工单位负责项目的全面性能的竣工验收和综合评价，设计和施工单位应相互配合。前一阶段主要检查施工质量。后期不仅施工质量达到设计要求，而且综合性能达到设计要求。
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