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两数据集共同基因取交集

两数据集共同基因取交集

作者: 萍智医信 | 来源:发表于2021-08-09 19:29 被阅读0次

    输入文件

    symbol.png
    gene.png

    输出文件

    symbol和gene共同基因表达文件


    输出文件.png
    library(limma)            #引用包
    expFile="symbol.txt"      #表达输入文件
    geneFile="gene.txt"       #基因列表文件
    setwd("D:\\biowolf")    #设置工作目录
    
    #读取输入文件,并对数据进行处理
    rt=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
    rt=as.matrix(rt)
    rownames(rt)=rt[,1]
    exp=rt[,2:ncol(rt)]
    dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
    data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
    data=avereps(data)
    data=data[rowMeans(data)>0,]
    
    #获取免疫基因表达量
    gene=read.table(geneFile, header=F, check.names=F, sep="\t")
    sameGene=intersect(as.vector(gene[,1]), rownames(data))
    geneExp=data[sameGene,]
    
    #输出结果
    out=rbind(ID=colnames(geneExp),geneExp)
    write.table(out,file="immGeneExp.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F)
    

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