输入文件
symbol.pnggene.png
输出文件
symbol和gene共同基因表达文件
输出文件.png
library(limma) #引用包
expFile="symbol.txt" #表达输入文件
geneFile="gene.txt" #基因列表文件
setwd("D:\\biowolf") #设置工作目录
#读取输入文件,并对数据进行处理
rt=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
rt=as.matrix(rt)
rownames(rt)=rt[,1]
exp=rt[,2:ncol(rt)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data=avereps(data)
data=data[rowMeans(data)>0,]
#获取免疫基因表达量
gene=read.table(geneFile, header=F, check.names=F, sep="\t")
sameGene=intersect(as.vector(gene[,1]), rownames(data))
geneExp=data[sameGene,]
#输出结果
out=rbind(ID=colnames(geneExp),geneExp)
write.table(out,file="immGeneExp.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F)
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