首先需要拥有root权限,没有权限无法安装。可以跳到文末使用docker安装。
senaite是一个实验室管理的LIMS系统,基于plone开发的。
![](https://img.haomeiwen.com/i18151951/303e396ceac8a38e.png)
senaite设计的思路是里面可以录入实验室的人员、设备、材料、方法。可以添加新的分析流程,里面可以添加关联到人员、设备、材料。使用电子邮件系统可以通知用户等等。适合具有固定流程的生物类实验分析公司使用。个人感觉不太适合普通的实验室使用,缺少一个实验室的仓库管理系统WMS。虽然物品存放也可以填进这个LIMS系统,但是缺乏仓库类的管理出入库的一个控制模块。
安装的过程如下:官网安装教程
# 创建一个用户名字是senaite
sudo adduser --home /home/senaite --shell /bin/bash senaite
# 切换用户为senaite
sudo su - senaite
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash /home/senaite/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
source /home/senaite/.bashrc
创建senaite conda 环境,并进入安装依赖包
conda create --name senaite python=2.7
conda activate senaite
使用root安装依赖的软件包
sudo apt install build-essential
sudo apt install python2.7 python2.7-dev
sudo apt install libxml2 libxml2-dev libxslt1.1 libxslt1-dev
sudo apt install libffi-dev libcairo2 libpango-1.0-0 libgdk-pixbuf2.0-0 libpangocairo-1.0-0 libgdk-pixbuf2.0-0
sudo apt install zlib1g zlib1g-dev
进入conda senaite环境安装plone
conda activate senaite
wget --no-check-certificate https://launchpad.net/plone/4.3/4.3.19/+download/Plone-4.3.19-UnifiedInstaller.tgz
tar xzf Plone-4.3.19-UnifiedInstaller.tgz
cd Plone-4.3.19-UnifiedInstaller
./install.sh standalone --target=/home/senaite --instance=senaitelims --password=admin
还是在上面的senaite环境内安装senaite
conda activate senaite
cd /home/senaite/senaitelims
vim buildout.cfg
编辑buildout.cfg文件的2处内容,
第一处是增加两行senaite.lims
和simplejson
,增加后的格式如下
eggs =
Plone
Pillow
senaite.lims
simplejson
第2处是删除zc.buildout
和setuptools
后面的版本号,修改后格式如下:
[versions]
zc.buildout =
setuptools =
Pillow = 5.1.0
cssselect2 = 0.2.2
soupsieve = 1.9.5
buildout.sanitycheck = 1.0.2
collective.recipe.backup = 4.0
plone.recipe.unifiedinstaller = 4.3.2
senaite.lims = 1.3.4
使用pip安装指定版本的依赖
使用which pip
查看你的pip的路径是否是/home/senaite/miniconda2/envs/senaite/bin/pip
,如果不是这个路径,那就是你可能没有进入senaite 的conda环境。必须和上面相同的地址才可以正确安装。
conda activate senaite
cd /home/senaite/senaitelims
cat << EOF > requirements.txt
setuptools==39.2.0
zc.buildout==2.13.2
pip==19.3.1
EOF
pip install -r requirements.txt
查看buildout路径which buildout
必须是/home/training/miniconda2/envs/senaite/bin/buildout
使用buildout构建
PYTHONHTTPSVERIFY=0 buildout
启动测试senaite
bin/instance fg
打开浏览器进入地址:http://localhost:8080
正式启动senaite,并驻留后台
bin/instance start
关闭senaite
bin/instance stop
不同版本senlite.lims依赖的Plone和其他的包的版本不一样,所以一定要按照上面对应的版本安装,随意更改版本则无法安装成功。现在按照这个教程已无法成功安装,因为senaite.lims的版本已经到2.4.1,不兼容Plone 4.3.19.所以两者得换一个。然后依赖又是一堆报错。
直接使用docker安装
https://github.com/senaite/senaite.docker
git clone https://github.com/senaite/senaite.docker
cd senaite.docker/2.4.0
docker build -t senaite .
docker run --rm --name senaite -p 8080:8080 senaite
网友评论