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课程笔记3 fMRI

课程笔记3 fMRI

作者: 茗创科技 | 来源:发表于2021-09-03 17:25 被阅读0次

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这节课里讲到了几个相关的术语(Terminology),也讲到了具体fMRI的数据结构(fMRI Data Structure)是怎样的。

一、 时间分辨率与空间分布率、结构图像与功能图像

时间分辨率(temporal resolution):时间分辨率由扫描一张图片所需的时间决定,事实上扫描一张图片的时间是由一个扫描时的参数TR决定的。他决定了我们区分观察不同时间点上大脑变化的能力。

空间分辨率(spacial resolution):空间分辨率决定了我们区分不同区域微小变化的能力(图片是否清晰)。

在磁场等条件一样时,fMRI扫描出的图像的时间分辨率越高/低,对应的空间分辨率就越低/高,很多时候我们需要根据不同的情况在两者之间找到一个平衡点。

在这里我们谈谈结构图像(Structural (T1) images)与功能图像(Functional (T2*) images)

结构图像有着极其高的空间分辨率。我们可以通过它区分不同的组织。在这个图里面你可以分辨灰质和白质,也可以找出解剖上的边界等等各种结构上的微小细节。然而结构图像的时间分辨率却极其的低,事实上它就是一个静态的图像。

结构图像(Structural (T1) images)

功能图像的时间分辨率相对很高。通过它我们可以研究不同时间段里大脑发生了什么变化,例如在这里有两个情况下扫描得到的“大脑功能图像序列”,情况A是用指头敲击,情况B是静息状态(谢谢

@神威鹏

 提醒!)。这样我们就可以分析两种状态相比之下大脑的信号有什么区别。

但其空间分辨率较低,相对结构图像来说很模糊。

功能图像(Functional (T2*) images)

二、 我们如何扫描大脑。

大脑是一个三维的立体结构。我们都是一层一层的扫描它。这样扫描的话就会对应一个扫描方向(那一层所在平面的方向)

这里有三种常用的方向

                                            冠状面(Coronal)            矢状面(Sagittal)           水平面(Axial)

你可以从上到下一层一层的扫描,也可以不按顺序跳着扫描。通常来说MRI都是按照水平面扫描的。把这些扫描得到的切片拼在一起的话,就又重新组成了一个三维的大脑了。

FOV(Field of View)是指扫描的那一块空间区域。例如在图中这块空间就是 192mm x 192mm,("一般来说FOV我们是只讲某一层面图像的视野,比如192mm *192mm,没有第三维。"

切片厚度(Slice thickness)指一层切片的厚度。同时一层图像在扫描时又会被分成很多体素(voxel),图示中一层图像被分成了64x64个体素,所以它的分割尺寸(Matrix Size)是64x64。

其中每个体素的尺寸是3mm x 3mm x 3mm。这也是我们图像的最小单位了。当然也可以设计使用其他的尺寸。

三、 如何扫描

在一个实验中,通常我们都会选取很多被试(subject)去做相同的任务(task)。每一个被试会参加很多轮扫描(sessions),在一轮里又会被扫描很多次(run)。我们通常会让被试重复完成几次实验任务。每一次扫描都会得到很多数据。每一次有很多体素,每个体素都有一个自己的强度值。这也是最基础的测量值。所以整个实验的数据就是这样一层层下来的,一个实验有很多被试,每个被试会参加很多轮扫描。每次扫描又会扫描很多次。每次扫描又会包含很多体素。

这些体素都会对应一个时间序列,也就是说在每一个时刻每个体素都会对应一个自己的值。

我们就是通过这些原始数据来对实验进行分析并得到一些规律的。

摘自知乎专栏“原来大脑是这么工作的”专栏,https://zhuanlan.zhihu.com/p/22007841

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