如何查看已安装和可以安装哪些包

• installed.packages() 查看已安装的包

  image.png

• available.packages() 查看自己的机器可以安装哪些包！

ap <- available.packages()
dim(ap)
#17433 17

image.png

此时就可以看自己想安装的包是否在r的仓库里

grep('A3',rownames(ap))
#1 1626 2212
grep('ABCp2',rownames(ap))
# 13
grep('airway',rownames(ap))
# integer(0)
'airway' %in% rownames(ap)
##因为airway是bioconductor的包，所以在R的仓库中找不到

三种安装R包方式

第一种： install.packages

install.packages('ape')
试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.0/ape_5.4-1.zip'
Content type 'application/zip' length 3008798 bytes (2.9 MB)
downloaded 2.9 MB

package ‘ape’ successfully unpacked and MD5 sums checked  ##表明已经安装好包啦

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\ASUS\AppData\Local\Temp\RtmpukhLuI\downloaded_packages ##程序自动下载的原始文件一般放在临时目录，会自动删除

第二种：对于bioconductor的包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

第三种：本地下载安装

这种方式安装以后library时常常还需要安装一下其依赖的包

参考：http://www.bio-info-trainee.com/1565.html