RNA-Seq基因组比对工具HISAT2运行问题

（主要摘自g863402758的博客文章https://blog.csdn.net/g863402758/article/details/78132968）

HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用

HISAT2安装，下载HISAT2-2.0.1，并解压：

unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64.zip

将HISAT2目录添加到环境变量：

vi ~/.bashrc

在文件末位添加：

export PATH=/lustre/home/lcn/chenwen/bin/hisat2-2.0.1-beta:$PATH

保存退出

source ~/.bashrc

建立索引

建立基因组索引

hisat2-build –p 4 genome.fa genome

建立基因组+转录组+SNP索引：
bowtie2的索引只有基因组序列信息，tophat2比对时，转录组信息通过-G参数指定。HISAT2建立索引时，就应该把转录组信息加进去。
HISAT2提供两个Python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件：

extract_exons.py Homo_sapiens.GRCh38.83.chr.gtf > genome.exon

extract_splice_sites.py Homo_sapiens.GRCh38.83.chr.gtf > genome.ss

此外，HISAT2还支持将SNP信息加入到索引中，这样比对的时候就可以考虑SNP的情况。这仍然需要将SNP文件转换成hisat2-build能使用的文件：

extract_snps.py snp142Common.txt > genome.snp

最后，将基因组、转录组、SNP建立索引：

hisat2-build -p 4 genome.fa --snp genome.snp --ss genome.ss --exon genome.exon genome_snp_tran

运行HISAT2

hisat2 -p 16 -x ./grch38_tran/genome_tran -1 SRR534293_1.fastq -2 SRR534293_2.fastq –S SRR534293.sam