美文网首页
Blast++与Diamond区别之一 qcovs

Blast++与Diamond区别之一 qcovs

作者: Silver_42ac | 来源:发表于2019-10-16 13:34 被阅读0次
#Blast++
--outfmt  '6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qlen qstart qend slen sstart send evalue bitscore qcovs qcovhsp'

#Diamond
--outfmt  6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qlen qstart qend slen sstart send evalue bitscore qcovhsp

#注意细节,Diamond不需要单引号,少了一个 qcovs 的计算,源码也是没写

名词解释:
High Scoring Pairs (HSP)

query and subject coverage

qcovs means Query Coverage Per Subject
qcovhsp means Query Coverage Per HSP
qcovus means Query Coverage Per Unique Subject (blastn only)

参考自:
BLAST中,与HSP和query_coverage(qcov)相关的关键参数
diamond-as-alternative-to-blastp
Question: BLAST definition and difference between 'qcovs' and 'qcovhsp'

相关文章

  • Blast++与Diamond区别之一 qcovs

    名词解释:High Scoring Pairs (HSP) 参考自:BLAST中,与HSP和query_cover...

  • 深入淘宝Diamond之客户端架构解析

    说明:本文不介绍如何使用Diamond,只介绍Diamond的实现原理 一、什么是Diamond diamond是...

  • 2018-02-06-blast 与 diamond 的区别

    一、NCBI blast+ 1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...

  • hsf笔记-GovernanceService

    1.GovernanceService GovernanceService用于与配置中心的交互 2.Diamond...

  • diamond

    BLAST本地比对太慢?不怕用diamond 生信入门:序列比对之diamond

  • Diamond

    就在几小时前,我还沉浮在眼前的匆匆行色里,看着你来我往,尽量把自己压缩在一个没有声音只有画面的自由空间里。 实际上...

  • Diamond

    一、我瞥见了几个人 “中杯卡布,在这喝。”与往常一样,一杯咖啡、一个人、一个周一的上午。 如果说有什么变化,那可能...

  • Diamond

    Maybe we don't have everything figured out right now But ...

  • diamond

    上午去舰保大看篮球比赛,想起了一首歌《diamond》。 虽然没有上场,但是我渴望做闪耀的那颗diamond。 y...

  • Diamond

    http://www.chenlianfu.com/?p=2703[http://www.chenlianfu.c...

网友评论

      本文标题:Blast++与Diamond区别之一 qcovs

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/lwtemctx.html