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跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析

今天要学习的图来自2021年10月29号发表在的Nature Communication上的一篇文章，题目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群组成及其与宿主相互作用的临床研究】。今天先来复现其中的一幅配对箱线图。

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DOI:10.1038/s41467-021-26500-8

读图

Snipaste_2021-11-22_00-20-29

该图为患者使用药物(左侧，7例患者,14例样本)或机械通气(右侧，4例患者,8例样本)前后α多样性的患者内差异(检验方法：双侧Wilcoxon符号秩检验)。

示例数据及作图前准备

由于作者给开源的数据设置了权限，这里就对ggpubr自带的ToothGrowth数据集进行添加一列编号信息作为示例数据。

导入数据

# 导入数据并查看数据集格式
library(ggpubr)
data <- read.csv("test.csv")
head(data)
# id列用于配对

> head(data)
   len supp id
1  4.2   VC  1
2 11.5   VC  2
3  7.3   VC  3
4  5.8   VC  4
5  6.4   VC  5
6 10.0   VC  6     

绘制

ggpaired(data, x="supp", y="len", fill="supp",id = "id",
         add="jitter",line.color = "gray", line.size = 0.4,
         palette=c("#83B8D7","#354B99"),
         xlab="my test", 
         ylab="supp", title = "supp-length",
         legend.title="supp") + 
  # 秩和检验
  stat_compare_means(method="wilcox", paired = T, comparisons=list(c("OJ", "VC"))) +
  theme_bw() + 
  # 设置主次网格线
  theme(panel.grid.major = element_line(colour = "gray97"), 
        panel.grid.minor = element_line(colour = "gray97")) + 
  # 设置轴标题和图标标题
  theme(axis.title = element_text(face = "bold"), 
        plot.title = element_text(size = 14, 
                                  face = "bold"), legend.title = element_text(face = "bold"))
# 保存图片
ggsave(filename = "test.pdf", device="pdf", height=6, width=6, useDingbats=FALSE)

结果展示

Snipaste_2021-11-22_09-26-40

数据及代码

见原文：https://mp.weixin.qq.com/s/-t42ahh7yEeXCfxC0vnZsA

后记

关于更<u>详细的代码讲解、作者的原代码的一些细节以及我修改的地方</u>会在之后的视频教程中详细讲到，有兴趣的可以关注我的B站【木舟笔记】。

往期内容

1. 跟着Nature学作图 | 配对哑铃图+分组拟合曲线+分类变量热图
2. (免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集
3. 跟着Nat Commun学作图 | 1.批量箱线图+散点+差异分析
4. 跟着Nat Commun学作图 | 2.时间线图
5. 跟着Nat Commun学作图 | 3.物种丰度堆积柱状图

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