先举个例子

把蛋白质序列中的 B 转换为 X，而蛋白质 id 中的字母 B 不受影响

-i: 选项，表示直接修改原文件；
/^>/!: 位置参数，/^>/表示以>开头的行，!表示取反；
s/B/X/g: 子命令，把所有的B替换为X。

sed 就是如此，一行一行读取，对特定的位置进行操作。

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1. 选项

-n: 取消默认输出
-i: 直接修改原文件
-e: 允许执行多个子命令

2. 位置参数

可以按行号 和 / 或 正则表达式匹配，正则表达式用写到//里。没有位置参数的话，即匹配所有。

1: 第1行
$: 最后一行
x,y: 第 x 行到第 y 行，如1,5 表示第 1 行到第 5 行
first~step: 指定起始行和步长，如 0~2 表示偶数行，1~2 表示奇数行
x,+n: 指定某行后面的几行，如 2,+5 等同于 2,7
/chr/: 含字符 chr 的行
/^$/: 空白行
/chr2/,5: 含字符 chr2 的行到第 5 行

关于正则匹配，只举了几个例子，所以还是搞懂正则啊。

3. 常见子命令

许多命令都很强大，但不需要完全掌握，也完全掌握不了......太真实了，55555

p: 打印匹配行（和 -n 选项一起合用）
d: 删除定位行
i: 在匹配行的前方插入文本
a: 在匹配行的后方插入文本
s: 替换
y: 字符转换
q: 第一个模式匹配完成后退出
{}: 在定位行执行的命令组，用分号隔开
w filename: 将匹配地址的所有行输出到指定的文件中

4. 进一步理解

Linux文本处理三剑客之sed 中有一个很好的例子，里面还给出了两个学习 sed 的网站。

$ zcat 1_SD_30_1.fq.gz | sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' | sed 's/ .*//' | head -n 5
>ERR569754.4
CAGCATCACATATTAGGCTTTATCCCTTTAAAGCAATATATTTTGAAATATCAATTATCATTTTCATTTATGGCCCGTAGGGCATTGCAGGGCACAACG
>ERR569754.7
TGCTGTTCATGGTGTTGTTGCTCTTGCTGTTGTTGTTGTTGCCCACGATGGGATCGCCGTTGATGGGGCCGTTAACGGGATTGCCATGAATCTTGGTGT
>ERR569754.18

注意替换标志 p表示替换第一个符合规则的字符串，并打印；w filename 表示替换第一个符合规则的字符串，并输出到文件 filename 中；另外还有g 表示全局替换；十进制数字：替换文本行中第 n 个符合规则的字符串；空：替换文本行中的第1个符合规则的字符串。

$ sed '/^>/! y/ATCG/atcg/' genome.fa
>chr1
attcatagccaatttagcc
>chr2
gatcagcagtttatt
...

类似于 tr 命令。

$ sed -n -e '/>chr/w chr.txt' -e '/>chr/!w sequence.txt' genome.fa
$ cat chr.txt
>chr1
>chr2
>chr3
>chr10
>chr11
$ cat sequence.txt
ATTCATAGCCAATTTAGCC
GATCAGCAGTTTATT
GGCAAGTTACGGC
TTTCAGCCAG
CCATAA

w 实现了 id 和序列的快速分离。

别人写的很全，http://lnmp.ailinux.net/sed