2023-11-03求横向平均值

输入文件格式为csv

NEG.csv示例：

每个样本四个生物学重复，如A206: A206_1、A206_2、A206_3、A206_4

Average.py脚本

import sys

import pandas as pd

from collections import OrderedDict

# 载入模块

df = pd.read_csv(sys.argv[1], index_col=0)

#df = pd.read_csv(sys.argv[1], index_col=0, delimiter='\t') #读入txt文件，假设使用制表符（tab）作为分隔符

# 读入文件

l = OrderedDict()

for i in df.columns:

    l[i.rsplit("_", 1)[0]] = ""

# 提取样品文件

def mean_rep(x):

    res = OrderedDict()

    for sample in l:

        res[sample] = x[df.columns[df.columns.str.match('{}_'.format(sample))]].mean()

    return pd.Series(res)

# 建立求平均值的模块

res_df = df.apply(mean_rep, axis=1)

res_df.to_csv(sys.argv[2], header=True, index=True)

用法：python Average.py NEG.csv NEG.average.csv