前言
bowtie这款软件虽然有些老了，但目前在分析NGS数据时还是有人使用，或许看中这款软件的比对速度了，比对速度真的很快，同样条件下比BWA、bowtie2要快。当然正常情况下，不同的比对软件之间的结果应该会有很好的重合。比如说分析DNA的数据，不管用bowtie、bowtie2、bwa中的哪一个软件，应该对后续分析不会造成很大的偏差。所以，不必纠结于用什么软件来做比对。但是，在用软件之前还是要搞清楚一下软件的特性，尤其是一些带有默认参数的选项，否则，可能会带来一些不必要的麻烦。
bowtie
成熟的软件一般都有不少的参数可以设置，就像bowtie的参数不要太多啊(看着就头大)，虽然参数很多，但大部分情况下我们可以选择使用默认参数即可。这里不卖关子，先透露一下，使用bowtie来比对双端数据时需要注意的参数：-X/--maxins <int> maximum insert size for paired-end alignment (default: 250)。看解释我们可以知道这个参数是设置文库插入片段大小的参数，对于我们常见的PE150的文库来说，这个参数似乎就有些捉襟见肘了啊，毕竟目前建库时筛选的片段大小应该是350bp，这样文库中大部分的片段应该都是大于250bp的，那么直接使用默认参数就会出现很尴尬的结果——比对率低。在不知道bowtie对双端数据的插入片段大小敏感的条件下，得到比对率低的结果，那就要好一番折腾了，毕竟问题还是要解决的！
虽然对于类似ChIP这样寻找信号位置的数据来说，比对率低大概率不会影响整体的信号富集，毕竟没有比对上的数据应该是随机分布在各个地方(经过验证，比对率提高前后，peak结果重合性很好)，但客户心里不免还是会有些疑虑和担心，毕竟还是有很多数据没有了用武之地嘛！
所以，现在的双端数据用bowtie比对时要注意一点！bowtie算是比较老的比对软件了，而早些年的测序数据大多也是几十bp的单端数据，所以bowtie比较适用于短的单端数据，虽然也可用于双端数据，但因为目前市场的NGS数据大部分都是PE150类型，如果你不小心用了bowtie，还没有设置-X/--maxins <int>这个参数，也许等待你的将是比对率低的结果。此时，如果你还是坚持要用bowtie，可以使用单端数据来分析。
结束语
记录一下，最重要的是告诫自己，顺便可以提醒一下他人，做数据分析还是要很小心的，尤其是客户的数据，应该尽量避免因为无知而带来的一些不必要的麻烦和误解。可见，做数据分析并不是一件容易的事，并不像别人眼中看到的那样轻松，好似每天在电脑面前跑跑程序就完事了一样。做数据分析需要承担不少的责任，因为数据既然过来了，不管对与错，不管能否有结果，都要有一个交代，毕竟数据已经在那！现在想来自己的脑洞还是有些大，需要更多一些的耐心来填平那些看似无关紧要的坑，还是要在磨练中慢慢成长，毕竟不是有那么一句话：“失败乃是成功的母亲嘛”！
网友评论