美文网首页
GBKviz:可能是easyfig最好的替代

GBKviz:可能是easyfig最好的替代

作者: 大坏蛋HYB | 来源:发表于2022-12-20 11:03 被阅读0次

GBKviz 是一个基于 web 的 Genbank 数据可视化和比较工具,使用 streamlit web 框架开发。 GBKviz 允许用户在用户指定的基因组区域(PNG 或 SVG 格式可用)中轻松灵活地绘制 CDS。它还支持通过 MUMmer 绘制基因组比较结果。 GenomeDiagram 是 BioPython 模块的一部分,用于绘制图表。本软件是在 EasyFig 的强烈启发下开发的。

访问GBKviz网页版可以去网页版试试,找两个NCBI数据库的质粒就可以。

安装

本地建一个单独的环境:
conda create -n gbkviz
建好以后激活环境:
source activate gbkviz
因为装了mamba,所以就用mamba了,跟conda是一样的:
mamba install -c bioconda -c conda-forge gbkviz

运行

直接输入:
gbkviz_webapp
回车运行:

01
点击选择Network URL后面那个网址即可,会打开浏览器进入本地页面。
02
左边导入gbk文件
03
导入以后会自动生成一个基础的图:
04
在左侧可以调节参数,显示基因标签,箭头样式,标签角度等等,调节到自己合适后:
05
可以下载svg格式进入AI等软件进行进一步的美化。
06

相关文章

  • Easyfig比较基因组结构图

    官网:http://mjsull.github.io/Easyfig/[http://mjsull.github....

  • Android XPopup弹窗

    一、前言: 功能强大,UI简洁,交互优雅的通用弹窗,可能是Android平台最好的弹窗库!可以替代Dialog,P...

  • 这可能是最好的性能优化教程(三)

    这可能是最好的性能优化教程系列专栏这可能是最好的性能优化教程(一)这可能是最好的性能优化教程(二)这可能是最好的性...

  • 这可能是最好的性能优化教程(二)

    这可能是最好的性能优化教程系列专栏这可能是最好的性能优化教程(一)这可能是最好的性能优化教程(二)这可能是最好的性...

  • 这可能是最好的性能优化教程(一)

    这可能是最好的性能优化教程系列专栏这可能是最好的性能优化教程(一)这可能是最好的性能优化教程(二)这可能是最好的性...

  • 摩卡壶不是摩卡

    如果你想在家里喝咖啡,又不想投资太多费用购买咖啡机和磨豆机的话,摩卡壶可能是最好的替代方案; 在我眼里,摩卡壶是最...

  • 2018-07-09最好的忘记方法就是替代,找一个更好的来取代它

    最好的忘记方法就是替代,找一个更好的来取代它的位置! 想忘记一个人,有什么办法。 最好的忘记方法就是替代,找一个更...

  • 最好的爱情,是无可替代

    1923年,钱钟书与杨绛女士在清华大学门口相见,一见倾心。 钱先生赶紧向杨女士澄清道,“外界传闻我已订婚,这不是事...

  • 最好的教育

    最好的教育 不是数落 咒骂 棒责 贬低 不是漠视 替代 放任 叹惜 最好的教育 是在他摔跤时的有力手臂 是...

  • 2017-10-09

    学校教育真的是最好的阶级跃迁的途径吗?学校教育的替代性与不可替代性? 学校教育给你带来最大的收获是什么?

网友评论

      本文标题:GBKviz:可能是easyfig最好的替代

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/mcguqdtx.html