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[NAR|2019] Doc2Hpo 提取人类表型

[NAR|2019] Doc2Hpo 提取人类表型

作者: drlee_fc74 | 来源:发表于2019-07-12 22:09 被阅读7次

人类表型本体（Human Phenotype Ontology, HPO）提供了人类疾病中遇到的表型异常的标准化词汇。Doc2Hpo是一个可以提取一段文字当中疾病表型的数据库。它主要是利用HPO数据库的当作背景。来查找文字当中有哪些疾病表型

输入

Doc2Hpo的输入十分简单，就是一段 文本文字即可。这个可以是文章内容，同时也可以是文章的摘要什么的。看自己心情。

这个支持三种搜索格式：String Search; MetaMap Lite; NCBO Annotator

image.png

我们使用示例文件来进行下一步操作，输入文本后。我们点击submit即可

输出

提交之后，就会把文字和HPO数据库当中的条目进行匹配。来提取文本当中的疾病表型。

image.png

同时我们可以查看这些表型对不对。来进行人工的筛选

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