dsRNA 双链RNA（double-stranded RNA, dsRNA） 是一种有互补链的RNA，与细胞中发现的DNA相似，dsRNA构成了一些病毒（双链RNA病毒）的基因组。像病毒RNA或siRNA之类的 双链RNA能够促发真核细胞中的RNA干扰，引起脊椎动物中的干扰素反应。 3、 shRNA：小发卡或短发卡RNA（a small hairpin RNA or short hairpin RNA, shRNA）是一段具有紧密发卡环（tight hairpin turn）的RNA序列，常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达。利用载体把shRNA导入细胞，载体中的U6 启动子确保shRNA总是表达；这种装载了shRNA载体可被传递到子代细胞中去，从而使基因的沉默可被遗传。shRNA的发卡结构可被细胞机制切割成 siRNA，然后siRNA结合到RNA诱导沉默复合物上（RNA-induced silencing complex，RISC），该复合物能够结合到目的mRNAs并将其降解。shRNA 是由RNA 聚合酶Ⅲ转录的，哺乳细胞中的shRNA产物有时会促使细胞产生干扰素反应（细胞遇到病毒侵袭时做出的自我防卫反应），而miRNA中却不会遇到这种问题 （miRNA是由RNA聚合酶Ⅱ转录，与转录mRNA的聚合酶相同）。shRNA也被用于植物和其它系统中，在这些系统中不需要U6启动子的驱动。在植物 中，常用的增强表达的启动子是CaMV35S（cauliflower mosaic virus 35S）,在这种情况下，RNA聚合酶Ⅱ参与了转录，起始RNA干扰。
Endo-siRNA 即内源性小干扰RNA (siRNA) ，是一类存在于几乎所有真核生物中的小干扰RNA 分子。
exo-siRNA即外源性小干扰RNA (siRNA) ，是指通过体内或者体外技术生成且生物基因组上不编码，能诱导基因沉默的一类小干扰RNA 分子。病毒感染或者实验方法导入的双链RNA 可以启动外源性小干扰RNA 的生成。
mi.RNA 是一类含有约22 个核苷酸的内源性小RNA , 存在于植物和动物体内。miRNA 由含有70 个核苷酸的发夹状前体经Dicer 酶作用而生成， miRNA 可以通过破坏靶mRNA 的稳定性、抑制靶mRNA 的翻译来对靶mRNA 发挥调控作用。
piRNA 是指piwi 相互作用RNA, 是一类内源性小干扰RNA, 能特异性地与动物细胞中Argonaute 蛋白的类似物PIWI 结合。PiRNA 不能由dsRNA 形成。
RNA 干扰(RNAi) 是由双链RNA 诱发的对目的基因表达的序列特异性沉默作用。
shRNA 即小发夹RNA , 是siRNA 或miRNA 的前体，包含一个19- 29 个核苷酸的＂茎”和一个4~15 个核苷酸的“环”结构。shRNA 在转录后可以从细胞核转移至细胞质，在细胞质中其环结构被Dicer 酶切割， 释放出siRNA 。shRNA 可以自然生成，也可经人工制备并用作基因沉默的工具。
shRNAmir 即笫二代shRNA, 将siRNA 包裹于自然界生成的pre-miRNA 之中。与标准的shRNA 相比， shRNAmir 对靶mRNA 的沉默效率更高。
siRNA 即小干扰RNA , 是一种双链RNA, 长度为21~23 个核苷酸，其3’端含有两个突出的非配对碱基。siRNA 与RISC 结合后， 一条链即信使链被移除，另一条链即向导链则引导RISC 对互补的靶标RNA 分子实施切割和降解。
saRNA 即小型激活RNA，也是dsRNA的一种。saRNA具有基因激活功能，能够上调目的基因的表达。
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