Preface
终于开始我的RNA seq之路了。一打开jimmy的视频，前面还要linux, 以及软件安装。 先来学习洲更的这个生信必修课之软件安装。已经有人帮我们走了那么多弯路了，我们需要的就是好好消化了。https://ke.qq.com/user/index/index.html#/plan/cid=310838&term_id=100368538
ps: 由于电脑问题，这个客户端登录不上，耗费了我一个多小时，真的是个非常顺利的开始呢。/狗头

寄语

生信人的linux考试http://www.bio-info-trainee.com/2900.html
服务器 →生信技能树公众号
软件安装问题→ 生信技能树论坛 《生物信息学常见1000个软件的安装代码》
编程学到什么程度？ R perl python
weixin.sougou.com 搜索微信公众号

课程介绍

• 无root权限解决编译时的依赖问题
• conda安装软件

• 安装perl模块

  
  image.png

shell基础命令行

shell是应用程序，访问操作系统内核的服务

• windows下载xshell，登录服务器终端
• mac ssh username@服务器地址 -p 端口号
  -《鸟哥的linux私房菜》& 马哥视频
• 相对路径/绝对路径
  -基础命令
  mkdir -p a/b/c/d/e 创建层级文件夹
  rmdir -p a/b/c/d/e 删除文件夹
  rm -r a 递归移除文件
  cp , pwd, mv
• 查看文件，查看性能

• man.linux.net 查询linux命令的作用

  
  image.png

文本编辑vim

在服务器上需要安装
在mac的终端/Terminal上输入 vimtutor学习教程

• 1 移动光标

  
  image.png
  

  移动光标、插入(i)和删除(x)追加(A)
  :q! trash all changes
  :wq save the changes

• 2. 删除命令
     dw d$

环境变量

变量：指代关系
环境变量/局部变量
-env, - export查看当前环境变量
echo $变量名 echo$PATH
PATH存放命令的查找路径，类似于快捷方式

配制环境变量

/etc/profile
~/.bashrc

• 课后作业
  shell13问

软件安装

解决内网问题

• 下载好源代码，通过FTP上传服务器，手动安装
• 内网中电脑作为代理服务器，修改环境变量http_proxy
• 简书： 2018-03-16 实验室主机设置代理上网（Proxy）

包管理工具（软件包之间的依赖关系）

• ubantu: apt/yum
  修改镜像-search-install- remove

conda简介及安装

conda简介：conda可以建立不同的环境，每种环境单独存在，互不干扰。同一系统下可以建立许多不同的环境，并且可以把该环境的配置导出为yml文件，其他人根据你的yml文件就可以快速构建一个同样的环境。

安装和配置conda

在服务器上买
① 下载
建议国内清华镜像站下载安装,服务器上安装linux版本
连接服务器 → cd src → src bash Miniconda3-4.5.4-Linux- x86_64.sh
anaconda is a snake
以下要注意
不要让conda在安装时，把path加到系统里去，要用的时候激活，激活后，用conda install -p /path/for/biotools/把 生信软件装到特定位置,而且这个位置的python版本最好和系统的一样
把这个 /path/for/biotools/ 加入到系统path
可能这样做后，反激活conda后生信软件也能用，同时不会污染环境
③配制环境
首先启动 ~/src$ source ~/miniconda3/bin/activate
添加channels ， 顺位 ： bioconda→ conda-forge

126A1C20-67AC-4D78-9A00-75C1A4B72A1F.png

cd src
~/src# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.12-Linux-x86_64.sh
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
in your /root/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> no

#添加channels，配制conda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
 #查看配置 
vim ~/.condarc
:wq#退出

#管理环境
conda search bwa  #比较费时间，推荐从bioconda官方站点搜索
conda install bwa -y
当前环境直接打出软件名，即可调用
echo $PATH
source ~/miniconda3/bin/activate 
source deactivate  # 提示我用conda deactivate
deactivate后退出，环境变量里无miniconda环境两种解决办法
①软件实际路径
~/miniconda3/bin/bwa #比较麻烦
② 不知为啥连接不上
echo $PATH #查看环境变量
ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/local/bin  #ln 表示创建连接，-s 软连接
mkdir -p ~/.local/bin #创建层级软件
ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/local.bin
bwa
The program 'bwa' is currently not installed. You can install it by typing:
apt install bwa

source ~/miniconda3/bin/activate
不同软件会支持Python的不同版本
conda remove -n #删除环境

conda 环境的建立和删除

#建立一个新环境
1. conda create -n myenv     #参数-n代表设置环境名称，myenv是具体的环境名，可以替换成自己想要的名称
#建立一个新环境，同时指定该坏境中python的版本
conda create -n myenv python=2.7 
#还可以建立环境的同时安装软件
conda create -n myenv 
conda create -n myenv Scipy=0.15.0
#环境建立成功后，会提示环境的激活和关闭的方法
source activate myenv
source deactivate myenv
#查看已有的环境
conda info --envs
#删除某个环境
conda remove -n myenv --all
# 或者更加粗暴
rm -rf ~/miniconda3/envs/myenv/     #该路径是要删除的环境所在的路径

yml文件快速配制conda环境

1.#首先，导出一个已经建立好的环境的yml文件
conda env export -n biostar -f biostar.yml  #该命令会在当前路径下生成一个yml文件。该文件包含conda环境的name，channels和dependencies三部分信息。
#根据yml文件建立新环境
conda env create -f myenv.yml
#安装完成后，可以激活该环境，查看该环境中的软件
source activate myenv
conda list

除了通过本地yml文件快速建立环境外，还可以根据conda cloud上的yml文件直接在本地建立环境。不过这需要注册和登录anaconda账户，相关功能可通过conda env --help以及conda env create --help查看使用方法。

！通过txt文件建立新环境

操作系统相同，且不关心channles信息，也可以通过conda导出一个包含软件链接的txt文件来复刻别人的分析环境。
用这种方法时由于conda没有输出depencies信息，所以一定要保证所输出的软件信息是当前处于激活状态的环境中的，且必须用在同一平台，同一版本的系统上。
用conda快速建立环境不需管理员权限，删除和新建都很方便，但是前提是必须要有一个已经存在的yml或者txt文件。这些文件可以从anaconda cloud上去找