BLAST+: 输出格式

1. 输出格式及内容

https://www.jianshu.com/p/d8df58b71314
https://www.cnblogs.com/djx571/p/9510550.html
https://www.jianshu.com/p/de28be1a3bea

2. 建立Index时添加物种信息

做BLAST+时如果需要输出物种信息，则需要在建立Index时加入物种信息，则需要prot.accession2taxid, nodes.dmp, names.dmp三个文件：

下载网站：https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/
prot.accession2taxid : https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz
nodes.dmp + names.dmp : https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz

关于其中的信息请阅读：https://www.plob.org/article/9808.html

3. 定制输出格式

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK569862/

3.1 定制输出列的内容

图片.png

3.2 定制输出时的间隔符

图片.png

3.3 定制输出格式一

-outfmt "6 qaccver saccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxid ssciname sblastname"