11.《Bioinformatics Data Skills》之

生物信息学某些分析会占据大量的时间，这里了解如何使进程在后台运行，终止进程与查看进程状态的基本操作。

后台运行进程

• 使程序在后台运行只需要在命令后面添加&符号即可，例如：

R &
# [1] 28374

下面生成的数字是程序唯一的ID(PID)。
可以使用jobs命令查看后台进程：

jobs
# [1]+  Stopped                 R

展示出所有后台运行的程序列表（最近的在最前面，这里只有一个程序）。

• 如果想要将后台程序重新调到前台的话，可以根据jobs返回的序号使用fg %序号(fg %1等同于fg)命令（注：这个序号与PID没有关系）

fg
#R

• 如果一个程序已经运行，可以先将它暂停（ctrl+z）再使用bg命令将它放到后台去（如果有多个程序需要放到后台，类似前面的fg使用jobs返回的编号作为bg %序号参数）

# 按下ctrl+z
[1]+  Stopped                 R
jobs
# [1]+  Stopped                 R
bg
# [1]+ R &

终止进程

如果想要终止后台运行的程序，最简单的操作是使用上面提到的操作将后台程序调到前台，然后使用ctrl + c终止。
注：
1. 更进阶的操作是使用top或者ps命令查看进行的PID，使用kill命令杀死进程，但是这里不详细介绍。
2. 关闭终端窗口会也会导致后台程序终止，避免这种情况需要采用nohup命令或者Tmux工具，后面会介绍。

查看进程状态

程序后台运行的问题是程序什么时候运行完毕了？成功地返回结果了还是出错了？事实上，shell程序运行结束后都会有一个退出状态（exit stauts），0代表成功运行，其它数字代表不同类型的错误。例如我们使用true与false命令为例：

true
echo $?
# 0
false
echo $?
# 1

状态码是非常有用的，我们可以将多个程序连接起来。例如我们想要使用program1生成中间结果，然后使用program2读取中间结果作为输入，为了保证program1的结果生成完毕后再执行program2，我们可以采用短路运算符&&（意思是前面的程序返回成功运行的0才运行后面的程序）

program1 input-file > intermediate-file && \
program 2 intermediate-file > result.txt

与&&相对的是||运算符，意思是前面一个程序非成功运行（返回非0状态）时才运行后面一个程序。观察下面的结果：

true && echo "first success"
# success
false && echo "first success"
# 
true || echo "first not success"
# 
false || echo "first not success"
# first not success

如果不论前面是成功还是失败都执行后一个程序的话可以采用；连接程序

false; true; false; echo "none of the previous mattered"
# none of the previous mattered