《Bioinformatics-Data-Skills》之github协作（1）

Github可以用于代码的存储与协作工作，协同工作的大概流程如下

1. 创建一个共享的库，你和你的同事有权限访问它
2. 你将工程push到github (fig.1a)
3. 你的partner clone github库的工程到本地(fig.1b)
4. 你的partner修改本地的工程并commit，通过push提交到github库(fig.2a)
5. 你将github库上的修改pull到本地(fig.2b)
6. 这个过程反复进行，共同修改库的文件

Figure 1 Figure 2

你和partner可以同时修改同一个库的不同文件或者同一文件的不同部分，github可以聪明地合并这些修改。但是当你和partner同时修改同一文件的同一部分的时候会产生冲突，这些冲突需要手动处理，所以协同工作需要一个好的规划与沟通。

今天学习如何创建远程的github库和如何将代码上传到github。

创建远程库

首先创建github账号，然后创建库，填写库名称即可（fig. 3，不对外公开的话选择Private库）。

Figure 3 创建github库

认证身份

Github可以通过ssh来管理远程的库，通过私人与公共秘钥管理（密钥创建方式查看极速登陆）。

在本地查看公共秘钥：

cat ~/.ssh/id_rsa.pub

在github里面点击setting => SSH and GPG keys => New SSH Key 粘贴公共秘钥即可。

确认是否认证成功：

ssh -T git@github.com
# Hi HushWay! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

连接库

进入本地库目录，通过git remote add命令配置github库连接本地库

git remote add origin git@github.com:HushWay/zmays-snps.git

origin是github库的常用的别名，你可以同时管理多个github库，通过git remote -v查看本地已知的库

git remote -v
# origin  git@github.com:HushWay/zmays-snps.git (fetch)
# origin  git@github.com:HushWay/zmays-snps.git (push)

想要删除库的话使用git remote rm <库名字>命令

将本地内容上传至github库

通过git push <remote-name> <branch>命令来上传（remote-name使用刚才设置的别名origin，branch现在使用master。）

git push origin master
# Counting objects: 3, done.
# Delta compression using up to 6 threads.
# Compressing objects: 100% (3/3), done.
# Writing objects: 100% (3/3), 401 bytes | 401.00 KiB/s, done.
# Total 3 (delta 1), reused 0 (delta 0)
# remote: Resolving deltas: 100% (1/1), completed with 1 local object.
# To github.com:HushWay/zmays-snps.git
#    b8b9f84..3eedc08  master -> master