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R中无法安装GitHub包 | 花费大量时间的小小经验

R中无法安装GitHub包 | 花费大量时间的小小经验

作者: 小杜的生信筆記 | 来源:发表于2023-07-27 20:06 被阅读0次

    写在前面

    最近在安装R包时,遇到无法安装包的情况,然后自己就各种捣鼓。最后,R环境也会让自己弄崩,如果你遇到此情况R语言无法调用stats.dll的问题解决方案,可以参考我前面的方法捣鼓一下。

    那么,这个推文也是记录自己曲折的愤怒的,难受的的安装历程。

    安装遇到最头疼的报错


    各种Error下载程序包"******"时出问题返回值不是0等等。

    如何解决

    可能遇到的问题

    我前面安装最大可能的原因就是网络的问题,emm,这个是真的头疼。

    1. 网络问题

    我们平时遇到的,最多的是无法访问国外网络。如githubBioconductor(有时也需要)等。那么我们只要开一个vpn基本可以改善。

    2. 已经开vpn,网络可以正常访问,依旧无法下载

    这种情况也是,我遇到的。我的GitHub,国外网络访问速度都是很快,但依旧无法正常安装包。(解决方案,在第3点一起说)

    3. 下载包无法安装

    在第1或第2点的基础上,可以下载安装包进行安装。但是安装包不一定能安装成功,这就很难受了。(PS:也有可能是自己安装的操作不正确)

    解决方案

    1. 开网络vpn

    2. 继续捣鼓

    3. 更换网络


    自己遇到的情况及解决方案

    遇到情况情况:开网络vpn,一切可以正常访问;GitHub安装其他人没问题(咨询了开发此包的大佬);其他包安装没问题(自己R没问题);下载此包本地安装,无法安装(无奈)........


    遇到这样情况,请听我一句劝:不要折腾了,果断换网络。


    自己解决方案:

    建议可以尝试一下Y叔叔的方案,或是评论区的方法。听说你装不了github的包?

    1. 隔天早上解决,关机回家睡觉。

    2. 先安装相关依赖的包


    依次安装后,再次安装需要的包。

    3. 依旧无法安装,报错。

    trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.16.0.tar.gz'
    Content type 'application/gzip' length 79020899 bytes (75.4 MB)
    downloaded 16.7 MB
    
    Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
      download from 'https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.16.0.tar.gz' failed
    In addition: Warning messages:
    1: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
      problem copying D:\R\R_library\00LOCK\vctrs\libs\x64\vctrs.dll to D:\R\R_library\vctrs\libs\x64\vctrs.dll: Permission denied
    2: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
      problem copying D:\R\R_library\00LOCK\rlang\libs\x64\rlang.dll to D:\R\R_library\rlang\libs\x64\rlang.dll: Permission denied
    3: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
      problem copying D:\R\R_library\00LOCK\cli\libs\x64\cli.dll to D:\R\R_library\cli\libs\x64\cli.dll: Permission denied
    4: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
      problem copying D:\R\R_library\00LOCK\Rcpp\libs\x64\Rcpp.dll to D:\R\R_library\Rcpp\libs\x64\Rcpp.dll: Permission denied
    5: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) :
      problem copying D:\R\R_library\00LOCK\processx\libs\x64\processx.dll to D:\R\R_library\processx\libs\x64\processx.dll: Permission denied
    6: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
      downloaded length 17548776 != reported length 79020899
    7: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
      URL 'https://mghp.osn.xsede.org/bir190004-bucket01/archive.bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.16.0.tar.gz': Timeout of 60 seconds was reached
    Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
      下载程序包‘org.Mm.eg.db’时出了问题
    

    若出现先以上这个报错,可以试一下我这这个方案,无需直接到此包的网址中下载包(PS:下载后安装也报错,这是本次遇到的情况)


    直接下载此网址中的包,进行安装。

    操作后,可以正常安装


    OK!


    教程代码:

    途径一:到GitHub中获得
    
    

    往期文章:

    1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)


    2. 精美图形绘制教程

    3. 转录组分析教程

    腾讯课堂: https://bioinformatic.ke.qq.com/
    CCtalk: https://www.cctalk.com/m/group/90864710
    

    小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

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