安装R包的几种方式
从CRAN中安装R包

########安装R包的几种方式#############

修改清华镜像站

site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
install.packages("DESeq2", repo=site)

完全可以多个R包一起安装

ins_pac = c("DO.db", "fgsea", "qvalue", "ggforce", "DOSE", "ggraph", "GOSemSim", "biomaRt", "enrichplot", "GenomicFeatures", "gridBase", "rtracklayer", "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")
install.packages("ins_pac", repo=site)

安装bioconductor包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("phangorn")

可以同时安装CRAN或者bioconductor或者部分github包的包BiocInstaller和BiocManager

R3.5版本以上才可以使用#####

library(BiocInstaller)
biocLite("structSSI" )

BiocManager

chooseCRANmirror()
install.packages("BiocManager")

安装的软件包可以更新到当前版本

BiocManager::install()

使用version()查看Bioconductor版本

BiocManager::version()
安装github中的包
library("devtools")
install_github("joey711/phyloseq")

下载ggvegan包

devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")
library(phyloseq)

判断devtools工具是否存在，选择是否需要安装，因为很大。

require(devtools)
install_github("ggvegan")
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("calligross/ggthemeassist")

安装开发版(连github不稳定有时间下载失败，多试几次可以成功)

devtools::install_github("phyloseq", build_vignettes = TRUE)

安装新功能最优版

devtools::install_github("phyloseq", ref = "optimization")
安装固定版本的包

安装固定版本

install_version("igraph", version = "0.6.5", repo="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

当不记得github仓库号之后，使用下面包githubinstall安装github包

install.packages('gdtools') #已发布至CRAN
library(githubinstall)
如果以上都还没有解决您的问题，还有办法
我们下载github上的包，可能经常性的打不开，R中无法下载，甚至手动克隆都有可能随时中断。

无法下载得到github包，或者无法安装后，将github包手动下载下来，解压之后定位文件夹名称后安装

install.packages("C:/Users/wentao/Desktop/hrbrthemes-master/", repos = NULL, type = "source")
install.packages("C:/Users/wentao/Desktop/microbiomeutilities-master/", repos = NULL, type = "source")
library(microbiomeutilities)

R语言载入包方式(require)实现多个包一起载入
这里将包分类载入

.cran_packages <- c("ggplot2", "gridExtra")
.bioc_packages <- c("dada2", "msa", "phyloseq")

Load packages into session

sapply(c(.cran_packages, .bioc_packages), require, character.only = TRUE)
定期升级所有R包
#######定期升级所有R##########
update.packages( )
#######定期升级所有R#########
查看默认载入的包

查看默认载入的包########

getOption("defaultPackages")#：查看启动R时自动载入的包。

查看默认载入的包########

查看包安装目录 查看已经安装的包目录
.libPaths()：查看包的安装目录
library()：查看已经安装的包目录
查看R中载入的包
sessionInfo()：查看R中载入的包
查看"package"中的所有对象
ls("package:package")：查看"package"中的所有对象