导读

miniconda3的下载、安装、使用。

conda笔记

conda list  # 查看conda中已经安装的软件
conda install diamond  # conda安装软件，默认最新版
conda install hmmer2 hmmer diamond
conda install diamond=0.8.22  # conda安装指定版本的软件
conda install py-bio  # conda安装python模块
conda create -n antismash
conda create -n python3.6 python=3.6  # 创建python3.6 conda环境
conda info --envs  # 查看环境列表
conda activate ENV  # 激活conda环境
conda deactivate ENV  # 退出conda环境
conda remove -n ENV --all  # 删除conda环境
conda config --show  # 查看channel

一、下载miniconda3

下载、安装地址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

二、安装miniconda3

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

回车 lisence
yes lisence
输入安装路径
等待安装...

三、conda安装R

conda 安装R语言及其R包

1 添加channel：清华镜像 free conda-forge bioconda

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show  # 查看新增channels

2 创建conda环境r403，并安装R4.0.3

conda create -n r403
conda activate r403
conda install r-base=4.0.3
# r-base icu下载不全
conda install r-base=4.0.3
conda install r-vegan  # 安装vegan包