GEO下载失败的替代措施

今天尝试下载GSE41271这个数据集，但是getGEO之后一直没有反应，因此找了个别的办法，尝试了一下。

> library(AnnoProbe)
> eset=AnnoProbe::geoChina(GEO)
trying URL 'http://49.235.27.111/GEOmirror/GSE41nnn/GSE41271_eSet.Rdata'
Content type 'application/octet-stream' length 19285192 bytes (18.4 MB)
downloaded 18.4 MB

file downloaded in D:/Learning/Bio/TCGA-LUAD
you can also use getGEO from GEOquery, by 
getGEO("GSE41271", destdir=".", AnnotGPL = F, getGPL = F)

这样就把表达矩阵下载下来了，但是注释信息还得想想办法。如果还是从getGEO这个函数下载的话好像不太靠谱。虽然印象里也可以下载GPL文件。
不过这次没有用getGEO，而是直接去GEO官网找到了GPL6884平台的注释文件。

下载下来是一个25M的txt文件，记事本卡死了好几次。所以把txt拖到Chrome里面看了一下，前面几行是#开头的注释行。所以用read.delim函数跳过注释行

> a <- read.delim(file="./step7_validation/GPL6884-11607.txt",
+                 comment.char = "#")
> head(a)
            ID      Species  Source  Search_Key  Transcript
1 ILMN_1825594 Homo sapiens Unigene  ILMN_89282  ILMN_89282
2 ILMN_1810803 Homo sapiens  RefSeq  ILMN_35826  ILMN_35826
3 ILMN_1722532 Homo sapiens  RefSeq  ILMN_25544  ILMN_25544
4 ILMN_1884413 Homo sapiens Unigene ILMN_132331 ILMN_132331
5 ILMN_1906034 Homo sapiens Unigene ILMN_105017 ILMN_105017
6 ILMN_1861479 Homo sapiens Unigene  ILMN_75398  ILMN_75398
  ILMN_Gene Source_Reference_ID   RefSeq_ID Unigene_ID
1 HS.388528           Hs.388528              Hs.388528
2 LOC441782         XM_497527.2 XM_497527.2           
3    JMJD1A         NM_018433.3 NM_018433.3           
4 HS.580150           Hs.580150              Hs.580150
5 HS.540210           Hs.540210              Hs.540210
6 HS.116531           Hs.116531              Hs.116531
  Entrez_Gene_ID       GI   Accession    Symbol
1             NA 23525203    BU678343          
2         441782 89042416 XM_497527.2 LOC441782
3          55818 46358420 NM_018433.3    JMJD1A
4             NA  7376124    AW629334          
5             NA  5437312    AI818233          
6             NA 20360910    BQ185359          

这样就得到了注释信息，可以对前面的表达矩阵进行注释了。

> b = eset[[1]]
> raw_exprSet=exprs(b) #表达矩阵