这里是佳奥！

到了数据下载这一步，之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载，不过有的数据寻找链接比较耗时，这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。

1 软件安装

1.1 Linux环境：

##新建环境
conda  create -n chipseq  python=2
conda activate chipseq

##确保软件都在chipseq环境下
conda install -c bioconda trim-galore
conda install -c bioconda samtools
conda install -c bioconda deeptools 或 conda install -c bioconda/label/cf201901 deeptools
conda install -c bioconda homer
conda install -c bioconda meme 或 conda install -c bioconda/label/cf201901 meme
conda install -c bioconda macs2 或 conda install -c bioconda/label/cf201901 macs2
conda install -c bioconda bowtie
conda install -c bioconda bowtie2

1.2 R环境：

install.packages("devtools",
               repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
library(devtools) 
BiocManager::install(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))
BiocManager::install(c('ChIPpeakAnno','ChIPseeker'))

##这几个数据集包比较特殊
BiocInstaller::biocLite('TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene',
                        ask=F,suppressUpdates=T)
BiocInstaller::biocLite('TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene',
                        ask=F,suppressUpdates=T)
BiocInstaller::biocLite('TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene',
                        ask=F,suppressUpdates=T)

##如果安装不成功的话，用这样的方法
BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene",force = TRUE)
BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene",force = TRUE)
BiocManager::install("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene",force = TRUE)

2 公共数据下载

 ##Linux系统下，新建目录
 mkdir {sra,raw,clean,align,peaks,motif,qc}
 cd sra 
 
 ##从文章找到数据ID，NCBI的原始数据，查看并复制Accession List
 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP009883&o=acc_s%3Aa
 
 ##新建srr.list
touch srr.list
vim srr.list 

$ cat srr.list
SRR391032
SRR391033
SRR391034
SRR391035
SRR391036
SRR391037
SRR391038
SRR391039
SRR391040
SRR391041
SRR391042
SRR391043
SRR391044
SRR391045
SRR391046
SRR391047
SRR391048
SRR391049
SRR391050

##下载sra文件
export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin"##添加sratoolkit到环境变量

##批量下载代码
cat srr.list | while read id; do ( prefetch $id & ); done

QQ截图20220808190556.png

##下载文件在我设定的路径/root/ncbi/
$ ls -lh
总用量 6.6G
-rw-r--r-- 1 root root 474M  8月  8 18:52 SRR391032.sra
-rw-r--r-- 1 root root 473M  8月  8 18:53 SRR391033.sra
-rw-r--r-- 1 root root 406M  8月  8 18:51 SRR391034.sra
-rw-r--r-- 1 root root 346M  8月  8 18:49 SRR391035.sra
-rw-r--r-- 1 root root 324M  8月  8 18:51 SRR391036.sra
-rw-r--r-- 1 root root 393M  8月  8 18:51 SRR391037.sra
-rw-r--r-- 1 root root 191M  8月  8 18:47 SRR391038.sra
-rw-r--r-- 1 root root 304M  8月  8 18:51 SRR391039.sra
-rw-r--r-- 1 root root 234M  8月  8 18:46 SRR391040.sra
-rw-r--r-- 1 root root 322M  8月  8 18:49 SRR391041.sra
-rw-r--r-- 1 root root 548M  8月  8 18:53 SRR391042.sra
-rw-r--r-- 1 root root 597M  8月  8 18:52 SRR391043.sra
-rw-r--r-- 1 root root 537M  8月  8 18:52 SRR391044.sra
-rw-r--r-- 1 root root 255M  8月  8 18:51 SRR391045.sra
-rw-r--r-- 1 root root 342M  8月  8 18:51 SRR391046.sra
-rw-r--r-- 1 root root 159M  8月  8 18:44 SRR391047.sra
-rw-r--r-- 1 root root 164M  8月  8 18:44 SRR391048.sra
-rw-r--r-- 1 root root 438M  8月  8 18:52 SRR391049.sra
-rw-r--r-- 1 root root 165M  8月  8 18:45 SRR391050.sra

可以看到下载成功，速度还是很快的。

下一篇我们继续处理下载好的sra数据。

我们下一篇再见！