基因组组装中的kmer究竟是何方神圣
jellyfish:快速计算kmer分布
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具
- kmer 是什么？
-
kmer 是一段固定长度的序列，这个长度是自己定义的，提高基因组组装效率
image.png
- jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。
- 拿一段想研究的kmer 去fastq 里面比对试试
基因组组装中的kmer究竟是何方神圣
jellyfish:快速计算kmer分布
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具
kmer 是一段固定长度的序列，这个长度是自己定义的，提高基因组组装效率
image.png
基因组组装中的kmer究竟是何方神圣jellyfish:快速计算kmer分布Gerbil:支持GPU加速的kmer...
—————— 持续更新 关键词：Genome Size Estimation; Kmer 一.Kmer评估法简介 ...
Kmer概念与工具汇总 Kmer简介 https://en.wikipedia.org/wiki/K-mer](h...
Kmer统计计算 在immunarch包中，要计算 kmer 出现的次数非常容易。我们可以直接使用getKmers...
#jellyfish(注意：k值在17-25最可靠) 随着Kmer值增大，峰值会左移，再逐渐没有峰值。 Kmer评...
说在前头 啥是kmer？ kmer就是一条长度为kbp的DNA string。 Jellyfish有啥用？ 计算输...
欢迎关注"生信修炼手册"！ 对于基因组组装而言，kmer count是最基础的分析内容之一，传统的kmer cou...
kmer计算简介 kmer计算类似字符串的移动窗口取值一样，主要在map端进行切分，在reduce进行整合相加即可...
一般来讲，对于较为复杂的基因组，我们通常会在基因组正式组装之前进行k-mer分析，以评估基因组杂合度、重复序列比例...
欢迎关注"生信修炼手册"！ 在使用基因组组装相关软件时，我们经常会听到kmer这个名词。kmer究竟是什么东西呢？...
本文标题：kmer
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/mrcvqhtx.html
网友评论