PopSizeABC--评估历史有效群体大小Ne

文件 - PopSizeABC - Forge DGA (inra.fr)

1、打开上述链接下载cattle_data.tar.gz、comp_stat1.zip、estim.zip，这三个文件，并解压到到PopSizeABC的目录下，并在目录下建一个res目录，方便结果文件的保存

2.用python运行stat_from_vcf_ex1.py，生成一个stat后缀文件，保存在res里。pop为物种品种，n为物种单倍体数量，比如10头牛，牛是二倍体生物，这里n设为20，mac看情况，一般设置为0.2*n，macld同。

3.用python运行simul_data_ex1.py，生成两个s1后缀的文件，保存在res里，outfile设置为ex1_物种名，其他同上设值。

4.用R运行abc_cv_ex1.R，需要安装abc这个R包，输入文件为上一步的s1后缀文件，同上设置参数