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PopSizeABC--评估历史有效群体大小Ne

PopSizeABC--评估历史有效群体大小Ne

作者: 汪大山 | 来源:发表于2021-11-11 17:01 被阅读0次

文件 - PopSizeABC - Forge DGA (inra.fr)

1、打开上述链接下载cattle_data.tar.gzcomp_stat1.zipestim.zip,这三个文件,并解压到到PopSizeABC的目录下,并在目录下建一个res目录,方便结果文件的保存

2.用python运行stat_from_vcf_ex1.py,生成一个stat后缀文件,保存在res里。pop为物种品种,n为物种单倍体数量,比如10头牛,牛是二倍体生物,这里n设为20,mac看情况,一般设置为0.2*n,macld同。

3.用python运行simul_data_ex1.py,生成两个s1后缀的文件,保存在res里,outfile设置为ex1_物种名,其他同上设值。

4.用R运行abc_cv_ex1.R,需要安装abc这个R包,输入文件为上一步的s1后缀文件,同上设置参数

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