2. PAML的编译和运行

下载：

PAML是一个交互式运行的程序。PAML可以从官方网站上下载，下载后需进行编译。

Windows

下载包中包含windows可执行程序。

从PAML网站http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html#download上下载最新版本，解压至指定文件夹。
打开命令提示符工具cmd。
进入paml文件夹。
src\目录包含源代码文件，example\包含了多种例子，bin\包含了可执行程序。

UNIX

下载包中不包含可执行程序，需要进行编译。

从PAML网站下载程序包，解压。
进入src/目录，使用make进行编译。
编译后生成baseml，basemlg，codeml，pamp，evolver，yn00和chi2等程序，将这些程序mv进bin/目录中。

Mac OS X

与UNIX方法相同。

运行：

PAML运行方法为在命令行直接输入需要运行的程序名，sequence文件、tree文件、comtrol文件都要在工作目录下。
示例数据在example/目录下，每个目录都包含了序列比对、control文件和详细的readme文件。
example/HIVNSsites 此目录包含了对HIV-1外壳V3区域的分析数据。这个数据集为了展示NSsites models，即氨基酸位点间的可变ω模型。这些模型被称为“random-sites”模型，也称为“fishing-expedition”模型。
example/lysin 此目录包含了25个鲍鱼的精子细胞溶解酶基因。此数据为了展示“random-sites”模型和“fixed-sites”模型。
example/lysozyme 此目录包含了灵长类溶解酶c基因。此数据为了展示系统发育树上不同支具有不同ω值的密码子模型，可用来检测正选择支系。这些模型称为branch模型或branch-specific模型。此数据集还可以用来执行branch-site模型。
examples/MouseLemurs 此目录包含估计鼠狐猴分歧时间的mtDNA比对。此数据是为了展示在global和local clock模型下使用最大似然法进行分歧时间估计。
examples/mtCDNA 此目录包含7个猿类线粒体基因组同一条链上的12个蛋白编码基因的比对在一系列密码子和氨基酸替代模型下的分析。
examples/TipDate 此目录包含33个SIV/HIV-2序列的比对。
可以参照上述实例开展分析。