甲基化芯片信号矩阵也直接使用GEOquery包下载

关于GEOquery在GEO公共数据库挖掘的重要性我已经多次强调和介绍了，不赘述，不过它可不只是用来下载表达芯片矩阵的，也可以下载甲基化芯片信号矩阵，也是贝塔值矩阵。

代码如下：

require(GEOquery)
require(Biobase)
GSE80559 <- getGEO("GSE80559")
beta.m <- exprs(GSE80559[[1]])

值得一提的是，甲基化信号矩阵有成熟的R包来区分细胞类型。

比如 8 blood cell subtypes(B-cells, CD4+ T-cells, CD8+ T-cells, NK-cells, Monocytes, Neutrophils, Eosinophils, and Granulocytes.

R包是：EpiDISH