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单细胞多文库数据批读取-R

单细胞多文库数据批读取-R

作者: 倪桦 | 来源:发表于2022-05-10 23:57 被阅读0次

单细胞一个样本通常构建多个测序文库，所以拿到的下机文库数据通常需要合并起来分析，在R中通过dir()函数进行文件检索，配合lapply()进行数据读取，再merge()在一起会快很多

setwd(".")
infiles <- dir(".",pattern = "*_raw.rds", full.names = TRUE,recursive = T)
scRNAlist <- lapply(infiles, readRDS)#读取数据为list
scRNA <- merge(scRNAlist[[1]],scRNAlist[2:length(scRNAlist)])

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