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2020-03-18 小窍门——R、Linux

2020-03-18 小窍门——R、Linux

作者: iColors | 来源:发表于2020-03-18 09:12 被阅读0次

    1. mac读取剪贴板数据到R

    Windows 读取剪贴板的数据的R函数是readClipboard()。
    Mac下咋办呢?
    其实也很简单。

    data <- read.table(pipe("pbpaste"),sep = "\t",header = T)
    

    很好用......

    2. mac加载BioLinux8.0.7版本到VirtualBox虚拟机不能全屏

    先安装一下包

    sudo apt install virtualbox-guest-dkms virtualbox-guest-utils virtualbox-guest-x11
    
    • VirtualBox->设置->显示->改为VboxSVGA
    • 加载BioLinux后->菜单栏选择->View->Virtual Screen 1-> Resize to 1920×1200
    • 最大化窗口后

    3. BioLinux与Mac共享文件夹

    • VirtualBox->设置->共享文件夹->新建一个名字为share的文件夹(也可以任意取名)
    • 打开BioLinux->新建一个名字为share的文件夹(也可以任意取名)
    • 用下面的命令挂载一下
     sudo mount -t vboxsf share share 
    

    4. 安装SAINT软件纪实

    • SAINT是蛋白质相互作用评分软件(http://saint-apms.sourceforge.net/Main.html)。
    • 从网上上下载SAINT2.5.0和SAINTexpress3.6.0压缩包。
    • 装到VirtualBox虚拟机BioLinux系统中,按照提示先安装了GSL包(看install文件,配置环境、编译、安装就可以)
    • 安装SAINTexpress还顺利,一下就安好了。
    • 安装SAINT2.5.0死活也安不上,找来鸟哥的私房菜和Linux命令行和shell脚本编程大全,临时抱佛脚!!!谷歌百度来回搜,折腾了一天。也没有解决。
    • 按照提示说没有定义gsl_sort,去谷歌,发现了一条相关的信息,说要安装一个PATCH,打个补丁就好。
    • 下载回来,vi编辑SAINT makefile,替换成补丁中的语句。
    • make all,泪流满面。终于成功了!!!
    • 运行程序,又郁闷了,找不到程序。
    • 又去谷歌,需要把可执行文件配置到PATH中。(修改.bashrc->exec bash->source ./.bashrc)
    • 开机后,PATH当中依然没有SAINT程序的搜索路径。
    • 度娘出马:~/.bashrc, ~/.bash_profile, ~/.bash_login这些文件,当通过shell启动程序时,它们也会被加载;但当通过图形界面环境启动程序时,这些文件中的环境变量设置便不可用了。
    • /etc/profile和/etc/profile.d都是常用的设置环境的地方。其中/etc/profile.d文件夹来源于/etc/profile,在该目录下的*.sh,即以sh为后缀的文件都会被加载。类似地,不推荐使用/etc/bash.bashrc,因为在图形界面环境下启动程序时,不会加载它里边的环境变量设置。
    • 修改/etc/profile, vi /etc/profile ->export PATH=$PATH: 存放saint的bin文件夹的路径
    • 没有/etc/profile修改权限,sudo chmod 777 /etc/profile,修改完wq!。
    • 重启系统! 终于可以了,不容易啊( Ĭ ^ Ĭ )。

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