利用conda 在无法联网的服务器安装软件

因为一般服务器上glibc和gcc的版本较低，使生信软件的安装异常费时。利用conda进行软件包的安装和管理非常的方便便捷，可以规避gcc版本问题。

然而依然有些服务器因为各种原因不能联网，这里记录一种使用cond在无法联网的服务器安装软件的方法。

1、conda的安装

     在镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载anaconda的安装包。安装之前请检测自己服务器python的版本。anaconda2 对应python2，anaconda3 对应python3。   

然后执行：

sh Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh

根据提示选择yes安装，这里比较简单。最后选择添加到环境变量。

2、生信软件安装，以samtools为例。

打开anaconda 网站 https://anaconda.org/bioconda

搜索Samtools的包，结果如下

 选择bioconda频道下的包，点击进入，点击files 并选择适合自己版本和系统的包下载。

#注意区分py3, py2 和系统。

samtools的包传到服务器后，进行本地安装

conda install --use-local /path/to/samtools-1.10-h9402c20_2.tar.bz2

安装完成后，发现报错如下：

这表明，缺失samtools的依赖包，hts。随后在

继续搜索hts，发现htslib

下载htslib 并安装，方法如前述。 按照完成后我们发现，这个报错已经解决。

libhts缺失的报错已经消失，但是出现一个新的报错。这同样是缺失依赖包，用上述方法把所有依赖包全部安装。

搞定，Samtools 可以用了。