UpSetR可视化多个数据集的交集

数据集较多(超过5个)时，使用常规的韦恩图进行交集可视化时就显得捉襟见肘了。UpSetR包可以很好地解决这个问题。

UpSetR支持两种数据形式的输入，直接命令行输入和文件形式输入。直接命令行输入也有两种形式的表达方式，一种是直接输入要比较的列表即可，另一种是输入已经计算好交互数量的值。

1. 安装或者加载UpSetR包

# install.packages('UpSetR')
library(UpSetR)

1. 示例数据

expressionInput <- c(one = 2, two = 1, three = 2, 
                     `one&two` = 1, `one&three` = 4, `two&three` = 1, `one&two&three` = 2)
upset(fromExpression(expressionInput))

UpSetR_fig1.png

2. UpSetR自带的示例文件（mutations.csv）能够很方便地帮助我们学习其支持的文件输入格式。该文件存储以逗号分隔的矩阵数据，包含100个gene的283个特性，其中“1”表示该基因有此特性，“0”表示该基因无此特性。UpSetR会计算全部基因中特性为1的交集个数。在默认情况下，UpSetR默认输出交集个数大于0的组合。

mutations <- read.csv(system.file("extdata", "mutations.csv",
                                  package = "UpSetR"), header = T, sep = ",")
upset(mutations)

UpSetR_fig2.png

3. 除了默认模式，UpSetR还支持指定需要交互的列以及输出交集个数为0的组合。

upset(mutations, sets = c("PTEN", "TP53", "EGFR", "PIK3R1", "RB1", "SPTA1"), 
      sets.bar.color = "red",order.by = "freq", empty.intersections = "on")

UpSetR_fig3.png

在这个示例中，我们指定了6个待交互的元素，并设置颜色为红色，同时令交互个数为0的组合也显示出来，并按照交集个数由大到小排列。

参考资料：
超过六个元素的韦恩图你就玩不转了？ (微信公众号:生信草堂)