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空间转录组和单细胞转录组测序数据联合分析

空间转录组和单细胞转录组测序数据联合分析

作者: 谢京合 | 来源:发表于2022-12-06 16:22 被阅读0次

    最近开启了新篇章:分析空间转录组和单细胞数据。

    头大。。。。。

    这新技术一天一个样子。
    想想这些个新技术有的时候也是蛮鸡肋。
    追吧,不太适用于现在所关注的肿瘤类型。
    不追吧,人家都在用,没那么几张图就显得很不高级。
    总之就是一个 大写的无奈。
    现在大部分空间转录组数据集中在脑组织和心脏组织,等等其他空间结构比较重要的组织。
    而且,更加重要的一点是空间转录组的resolution很低。
    一个spot一般包括5-10个细胞,所以spot注释就很粗糙。
    虽然,现阶段有很多中方法给你注释,但就我试过的,结果不咋好。
    不知道是不是我技术的问题(希望不是,哈哈哈。)

    所以,现在很多空间转录组的数据需要和单细胞转录组一起分析。
    用单细胞中鉴定的细胞类型去注释空间转录组中spot的类型。
    下面这张图,就是现阶段有的用于两种数据联合分析的方法。


    联合分析方法

    这也是从别人那边copy过来的,想看具体介绍。
    以下是连接:热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结 - 知乎 (zhihu.com)

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